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万見
- PDB-4yhi: Reversal Agent for Dabigatran -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhi
タイトルReversal Agent for Dabigatran
要素
  • aDabi-Fab2a heavy chain
  • aDabi-Fab2a light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Dabigatran / Pradaxa / Antidote / Reversal Agent
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-4CC
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schiele, F. / Nar, H.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: Structure-guided residence time optimization of a dabigatran reversal agent.
著者: Schiele, F. / van Ryn, J. / Litzenburger, T. / Ritter, M. / Seeliger, D. / Nar, H.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aDabi-Fab2a heavy chain
B: aDabi-Fab2a light chain
H: aDabi-Fab2a heavy chain
L: aDabi-Fab2a light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6666
ポリマ－95,7234
非ポリマー9432
水15,403855
1
A: aDabi-Fab2a heavy chain
B: aDabi-Fab2a light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3333
ポリマ－47,8612
非ポリマー4721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
H: aDabi-Fab2a heavy chain
L: aDabi-Fab2a light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3333
ポリマ－47,8612
非ポリマー4721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.806, 128.920, 60.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 aDabi-Fab2a heavy chain


分子量: 23744.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#2: 抗体 aDabi-Fab2a light chain


分子量: 24116.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-4CC / N-[(2-{[(4-carbamimidoylphenyl)amino]methyl}-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)carbonyl]-N-pyridin-2-yl-beta-alanine / ダビガトラン


分子量: 471.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N7O3 / コメント: 抗凝固剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM SPG buffer (pH 6) and 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→128.92 Å / Num. obs: 61726 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C1E

1c1e


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9365 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9142 / SU R Cruickshank DPI: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 3116 5.05 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1828 61647 99.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7269 Å20 Å22.7149 Å2
2--1.7131 Å20 Å2
3---4.0138 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.218 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6733 0 70 855 7658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086982HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.079507HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2307SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1024HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6982HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion915SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8523SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 218 4.8 %
Rwork0.2227 4325 -
all0.2241 4543 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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