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万見
- PDB-4i71: Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Gua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i71
タイトルCrystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Guanosine nucleoside hydrolase in complex with a trypanocidal compound
要素Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nucleoside hydrolase / open (alpha / beta) structure / NH fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / glycosome / purine nucleoside catabolic process / purine ribonucleoside salvage / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGV / NICKEL (II) ION / Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Giannese, F. / Degano, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of purine nucleosidase from Trypanosoma brucei bound to isozyme-specific trypanocidals and a novel metalorganic inhibitor
著者: Giannese, F. / Berg, M. / Van der Veken, P. / Castagna, V. / Tornaghi, P. / Augustyns, K. / Degano, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Transition-state complex of the purine-specific nucleoside hydrolase of T. vivax: enzyme conformational changes and implications for catalysis
著者: Versees, W. / Barlow, J. / Steyaert, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure and mechanism of the 6-oxopurine nucleosidase from Trypanosoma brucei brucei
著者: Vandemeulebroucke, A. / Minici, C. / Bruno, I. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Parkin, D.W. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Purine-specific nucleoside N-ribohydrolase from Trypanosoma brucei brucei. Purification, specificity, and kinetic mechanism
著者: Parkin, D.W.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8448
ポリマ－36,1681
非ポリマー6767
水5,080282
1
A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase
ヘテロ分子

A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,68816
ポリマ－72,3352
非ポリマー1,35314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.360, 72.350, 133.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase


分子量: 36167.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.3.2960 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZL6, purine nucleosidase

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非ポリマー , 5種, 289分子

#2: 化合物 ChemComp-AGV / (2R,3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-2-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol


分子量: 279.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N5O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 19% PEGMME2000, 10mM Ni2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日
放射モノクロメーター: Silicon crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→133.3 Å / Num. all: 78467 / Num. obs: 78467 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.811 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.64
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique allNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.28-1.321.60.4780.2642.8455786007347234720.35357.8
1.32-1.350.3560.2284.1613938584054840.28693.9
1.35-1.390.2820.1955.3716641570156780.23999.6
1.39-1.440.2220.1586.4716169551454990.19499.7
1.44-1.480.180.1297.8215830537653620.15899.7
1.48-1.540.1320.0999.8315318520551930.12199.8
1.54-1.590.1080.08111.714720498049640.199.7
1.59-1.660.0880.06813.7814245481847900.08399.4
1.66-1.730.0740.05815.6813781465346270.07199.4
1.73-1.820.0580.05117.9313220444844160.06299.3
1.82-1.910.0480.04320.2612415420041510.05398.8
1.91-2.030.0390.03723.1311871402339710.04698.7
2.03-2.170.0330.03525.4511027374636760.04298.1
2.17-2.340.0310.03627.0310672354534600.04397.6
2.34-2.570.0350.06130.6918322326032470.06799.6
2.57-2.870.0320.05533.4118686294529370.0699.7
2.87-3.320.0280.04635.5316374262026100.05199.6
3.32-4.060.0230.04238.4413974224322290.04699.4
4.06-5.740.0230.0437.7810021173717080.04498.3
5.74-1330.0230.03834.86510210399930.04395.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KIC

1kic


解像度: 1.28→133.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1482 / WRfactor Rwork: 0.1262 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9388 / SU B: 0.99 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.0405 / SU Rfree: 0.0381 / Isotropic thermal model: Individual anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1467 3944 5 %RANDOM
Rwork0.1259 ---
obs0.1269 78467 95.8 %-
all-78467 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.47 Å2 / Biso mean: 14.8256 Å2 / Biso min: 6.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→133.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 33 282 2811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.9713607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03734351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1775339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48224.952105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97115450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5231510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3082.51659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4862.5662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.10632693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0234987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4975.5908
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.9934413
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.8173287
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.94934349
LS精密化 シェル解像度: 1.284→1.318 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 161 -
Rwork0.177 3303 -
all-3464 -
obs--57.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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