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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4av5 | ||||||
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タイトル | Structure of a triclinic crystal of the FimH lectin domain in complex with a propynyl biphenyl alpha-D-mannoside, at 1.4 A resolution | ||||||
要素 | FIMH | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / BACTERIAL ADHESIN TYPE 1 FIMBRIAE / URINARY TRACT INFECTION / VARIABLE IMMUNOGLOBULIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wellens, A. / Lahmann, M. / Touaibia, M. / Vaucher, J. / Oscarson, S. / Roy, R. / Remaut, H. / Bouckaert, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: The Tyrosine Gate as a Potential Entropic Lever in the Receptor-Binding Site of the Bacterial Adhesin Fimh. 著者: Wellens, A. / Lahmann, M. / Touaibia, M. / Vaucher, J. / Oscarson, S. / Roy, R. / Remaut, H. / Bouckaert, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4av5.cif.gz | 265 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4av5.ent.gz | 218 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4av5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4av5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4av5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4av5_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4av5_validation.cif.gz | 62 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4av5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4av5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 4 / 断片: LECTIN DOMAIN, RESIDUES 10-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: UTI89 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A2IC68, UniProt: P08191*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-FYZ / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: 2% PEG8000, 0.5 M LI2SO4, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.918 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→18.79 Å / Num. obs: 109811 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.86 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.6 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / % possible all: 86.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1UWF 解像度: 1.4→18.592 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 2 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.123 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.592 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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