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- PDB-4avk: Structure of trigonal FimH lectin domain crystal soaked with an a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4avk
タイトルStructure of trigonal FimH lectin domain crystal soaked with an alpha- D-mannoside O-linked to propynyl pyridine at 2.4A resolution
要素FIMH
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / BACTERIAL ADHESIN (アドヘシン) / TYPE 1 FIMBRIAE / URINARY TRACT INFECTION (尿路感染症) / VARIABLE IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / 性繊毛 / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / 細胞接着
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FVQ / NICKEL (II) ION / FimH / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wellens, A. / Lahmann, M. / Touaibia, M. / Vaucher, J. / Oscarson, S. / Roy, R. / Remaut, H. / Bouckaert, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: The Tyrosine Gate as a Potential Entropic Lever in the Receptor-Binding Site of the Bacterial Adhesin Fimh.
著者: Wellens, A. / Lahmann, M. / Touaibia, M. / Vaucher, J. / Oscarson, S. / Roy, R. / Remaut, H. / Bouckaert, J.
履歴
登録2012年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMH
B: FIMH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,92610
ポリマ－33,8342
非ポリマー1,0928
水3,081171
1
A: FIMH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2713
ポリマ－16,9171
非ポリマー3542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FIMH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6557
ポリマ－16,9171
非ポリマー7386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.460, 90.460, 79.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2072-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FIMH


分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 断片: LECTIN DOMAIN, RESIDUES 10-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: UTI89 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A2IC68, UniProt: P08191*PLUS
#2: 糖 ChemComp-FVQ / 3-(pyridin-3-yl)prop-2-yn-1-yl alpha-D-mannopyranoside / 3-pyridin-3-ylprop-2-yn-1-yl alpha-D-mannopyranoside / D-MANNOSE ALPHA1O-PROPYNYL PYRIDINE / 3-(pyridin-3-yl)prop-2-yn-1-yl alpha-D-mannoside / 3-(pyridin-3-yl)prop-2-yn-1-yl D-mannoside / 3-(pyridin-3-yl)prop-2-yn-1-yl mannoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 295.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17NO6
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.6
詳細: 1 M LI2SO4, 100 MM TRIS PH 8.6, 10 MM NICL2, 0.2 M NON-DETERGENT SULFOBETAINE 201

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1.016
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.016 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 16232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.4→2.6 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VCO

2vco


解像度: 2.4→24.811 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 752 5 %
Rwork0.1661 --
obs0.1682 15043 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.133 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1389 Å20 Å20 Å2
2---0.1389 Å20 Å2
3---0.2777 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 64 171 2627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4483515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.777904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.58520.26131470.20062808X-RAY DIFFRACTION100
2.5852-2.84510.23251490.1892822X-RAY DIFFRACTION100
2.8451-3.2560.22341490.16732843X-RAY DIFFRACTION100
3.256-4.09920.17271500.15542851X-RAY DIFFRACTION100
4.0992-24.8120.19381570.1552967X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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