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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zq8 | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF LINEAR GRAMICIDIN D OBTAINED USING TYPE I CRYSTALS GROWN IN A monovaccenin LIPID CUBIC PHASE | |||||||||
![]() | VAL-GRAMICIDIN A | |||||||||
![]() | ANTIBIOTIC / ION CHANNEL / MESOPHASE | |||||||||
機能・相同性 | GRAMICIDIN A / MONOVACCENIN / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hoefer, N. / Aragao, D. / Caffrey, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallization of Gramicidin from a Monovaccenin Lipidic Cubic Phase 著者: Hoefer, N. / Aragao, D. / Caffrey, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 961 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 958 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xdcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99382, -0.08023, -0.07677), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | ![]() 詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5 詳細: 1M LITHIUM SULFATE, 10 MM NICKEL CHLORIDE, 0.1 M TRIS HCL, PH 8.5, LIPIDIC CUBIC PHASE OF MONOVACCENIN (11.7 MAG) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月4日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL-CUT DOUBLE-CRYSTAL SILICON 111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→22.9 Å / Num. obs: 6612 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 78.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XDC 解像度: 1.7→22.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 1.994 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.281 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.88 Å
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拘束条件 |
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