[日本語] English
万見
- PDB-2h8u: Bucain, a cardiotoxin from the Malayan Krait Bungarus candidus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8u
タイトルBucain, a cardiotoxin from the Malayan Krait Bungarus candidus
要素Bucain
キーワードTOXIN / bucain / cardiotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bungarus candidus (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Kini, R.M. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Bucain
著者: Murakami, M.T. / Kini, R.M. / Arni, R.K.
履歴
登録2006年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bucain
B: Bucain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4572
ポリマ－14,4572
非ポリマー00
水1,51384
1
A: Bucain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2291
ポリマ－7,2291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bucain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2291
ポリマ－7,2291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.617, 62.888, 78.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assemby is a monomer from the dimer in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 Bucain


分子量: 7228.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bungarus candidus (コブラ) / 参照: UniProt: P83346
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: peg 4000, ammonium acetate, pH 5.6, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.51 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.51 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→17.2 Å / Num. all: 7680 / Num. obs: 7426 / % possible obs: 74.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / % possible all: 72.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→17.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 5.445 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26575 354 4.8 %RANDOM
Rwork0.20378 ---
all0.216 7426 --
obs0.20668 7072 74.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2--3.18 Å20 Å2
3----2.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1004 0 0 84 1088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0071.9831385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6835130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.5812635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.98915212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.368154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2560.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2681.5669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21421052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1113418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9664.5332
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 25 -
Rwork0.225 339 -
obs--50.35 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る