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- PDB-1av2: Gramicidin A/CsCl complex, active as a dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1av2
タイトルGramicidin A/CsCl complex, active as a dimer
要素GRAMICIDIN A
キーワードANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN
機能・相同性GRAMICIDIN A / : / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法X線回折 / MOLECULAR REPLACEMENT/ ANOMALOUS SCATTERING / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Burkhart, B.M. / Li, N. / Langs, D.A. / Duax, W.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: The Conducting Form of Gramicidin a is a Right-Handed Double-Stranded Double Helix.
著者: Burkhart, B.M. / Li, N. / Langs, D.A. / Pangborn, W.A. / Duax, W.L.
履歴
登録1997年9月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52013年2月6日Group: Derived calculations
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRAMICIDIN A
B: GRAMICIDIN A
C: GRAMICIDIN A
D: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,89024
ポリマ－7,5294
非ポリマー1,36120
水39622
1
A: GRAMICIDIN A
B: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,62316
ポリマ－3,7652
非ポリマー85914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area5120 Å2
2
C: GRAMICIDIN A
D: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2668
ポリマ－3,7652
非ポリマー5026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.060, 31.880, 52.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.87519, 0.48351, -0.01586), (0.48374, 0.87433, -0.0392), (-0.00509, -0.04198, -0.99911)36.49, -8.05, 67.49
2given(-0.89416, 0.44768, 0.00763), (0.44774, 0.89412, 0.00918), (-0.00271, 0.01162, -0.99993)43.94, -10.75, 64.58
3given(-0.99977, -0.02099, 0.00381), (0.02104, -0.99968, 0.01396), (0.00352, 0.01404, 0.9999)46.49, 14.96, 1.03

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
GRAMICIDIN A / VALYL GRAMICIDIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16).
由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN A
#2: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION


分子量: 132.905 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL


分子量: 32.042 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND CALLED COLLECTIVELY GRAMICIDIN D HERE, GRAMICIDIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化pH: 7
詳細: 30 MG/ML GRAMICIDIN, SATURATED CSCL, METHANOL, PH 7.0, BATCH METHOD
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlmethanolic solution11
2250 mM11CsCl

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 108451 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 59
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.152 / % possible all: 54.5
反射
*PLUS
Num. obs: 17776 / % possible obs: 91.3 % / Num. measured all: 39976 / Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT/ ANOMALOUS SCATTERING
開始モデル: HOME-MADE MODEL

解像度: 1.4→100 Å / Num. parameters: 5261 / Num. restraintsaints: 6720 / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: METHANOL MOLECULES WERE KEPT ISOTROPIC WITH NO HYDROGENS BECAUSE OF HIGH DISORDER. THE BIJVOET DIFFERENCES WERE USED IN PHASING
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1788 5 %
all0.156 17776 -
obs0.154 -92.4 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER (G = 0.83086, U = 1.41203)
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 560 / Occupancy sum non hydrogen: 572.47
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数544 0 29 22 595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.311
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.154
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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