PDB-3lo1: Crystal structure of human alpha-defensin 1 (Y16A mutant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lo1

タイトル

Crystal structure of human alpha-defensin 1 (Y16A mutant)

要素

Neutrophil defensin 1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / HUMAN ALPHA DEFENSIN 1 / HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1 / HNP1 / ANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL / Antiviral defense / Defensin / Disulfide bond / Fungicide / Phosphoprotein / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa ...
類似検索 - 分子機能

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pazgier, M. / Lu, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Trp-26 imparts functional versatility to human alpha-defensin HNP1.
著者: Wei, G. / Pazgier, M. / de Leeuw, E. / Rajabi, M. / Li, J. / Zou, G. / Jung, G. / Yuan, W. / Lu, W.Y. / Lehrer, R.I. / Lu, W.

履歴

登録	2010年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lo1.cif.gz	18.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lo1.ent.gz	11.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lo1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h6cC 3lo2C 3lo4C 3lo6C 3lo9C 3loeC 3lvxC 3gnyS 3lnz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lo2-2 3hjd-2 2pm5-1 4du0-1 4du0-3 3lo9-1 3lo4-1 1emx-d 3l8l-1 1av2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (11) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil defensin 1

ヘテロ分子

3.56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.463, 74.649, 25.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 6 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 1 - 30

Dom-ID
1
2

#1: タンパク質・ペプチド	Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2 分子量: 3360.015 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 65-94 / 変異: Y16A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide is naturally found in HUMAN / 参照: UniProt: P59665
#2: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% PEG 4,000; 0.2 M ammonium sulfate; 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.563→37.325 Å / Num. all: 4861 / Num. obs: 4857 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 28.3
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 16 / R_sym value: 0.202 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GNY

3gny

解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.133 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22464	213	4.7 %	RANDOM
R_work	0.18601	-	-	-
obs	0.18777	4337	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	231	0	14	29	274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.961	332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.896	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.72	18	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.965	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.449	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.127	1.5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.046	2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.822	3	102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.472	4.5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 231 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å

タイプ	Weight position
loose positional	5
loose thermal	10

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	16	-
R_work	0.223	311	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.2992 Å / Origin y: -10.1723 Å / Origin z: 8.1012 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.06 Å²	0.0079 Å²	-0.004 Å²	-	0.0552 Å²	0.011 Å²	-	-	0.0639 Å²
L	2.6599 °²	1.8041 °²	0.0501 °²	-	2.8102 °²	0.1152 °²	-	-	2.5497 °²
S	-0.1167 Å °	0.1526 Å °	-0.0152 Å °	-0.2601 Å °	0.0858 Å °	0.084 Å °	-0.0864 Å °	-0.1309 Å °	0.0309 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 6108
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 64

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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