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万見
- PDB-2y6n: STRUCTURE OF LINEAR GRAMICIDIN D OBTAINED USING TYPE I CRYSTALS G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y6n
タイトルSTRUCTURE OF LINEAR GRAMICIDIN D OBTAINED USING TYPE I CRYSTALS GROWN IN A 8.8 MONOACYLGLYCEROL LIPID CUBIC PHASE.
要素VAL-GRAMICIDIN A
キーワードANTIBIOTIC / ION CHANNEL / MESOPHASE / SPONGE PHASE
機能・相同性GRAMICIDIN A / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / :
機能・相同性情報
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Hoefer, N. / Aragao, D. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011
タイトル: Membrane Protein Crystallization in Lipidic Mesophases. Hosting Lipid Effects on the Crystallization and Structure of a Transmembrane Peptide
著者: Hoefer, N. / Aragao, D. / Lyons, J. / Caffrey, M.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月24日Group: Other
改定 1.32014年1月15日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VAL-GRAMICIDIN A
B: VAL-GRAMICIDIN A
C: VAL-GRAMICIDIN A
D: VAL-GRAMICIDIN A
E: VAL-GRAMICIDIN A
F: VAL-GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,20810
ポリマ－11,2946
非ポリマー4,9144
水362
1
A: VAL-GRAMICIDIN A
B: VAL-GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1495
ポリマ－3,7652
非ポリマー3,3843
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area3980 Å2
手法PISA
2
C: VAL-GRAMICIDIN A
D: VAL-GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2943
ポリマ－3,7652
非ポリマー1,5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-12.5 kcal/mol
Surface area3080 Å2
手法PISA
3
E: VAL-GRAMICIDIN A
F: VAL-GRAMICIDIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7652
ポリマ－3,7652
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-14.1 kcal/mol
Surface area3010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.616, 62.783, 30.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.12817, -0.04521, -0.99072), (-0.09705, -0.99474, 0.03284), (-0.98699, 0.09194, -0.13188)-5.10802, -4.60774, -26.03978
2given(-0.99431, 0.09665, 0.04477), (0.09515, 0.99486, -0.03459), (-0.04789, -0.03014, -0.9984)-19.40863, 1.02082, -39.7198

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
VAL-GRAMICIDIN A / GRAMICIDIN D


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16).
由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN A
#2: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400


分子量: 324.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND COLLECTIVELY CALLED GRAMICIDIN D HERE, GRAMICIDIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: GRAMICIDIN A CHAIN: A, B, C, D, E. F COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 16 DESCRIPTION: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 1) WITH ETHANOLAMINE AT THE C-TERM (RESIDUE 16)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
解説: DATA WERE COLLECTED USING A COLLIMATED MINIBEAM WITH A 10 MICRON BEAMSIZE
結晶化手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30 %(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 8000, 0.2 M NH4SO4, LIPIDIC CUBIC PHASE OF 8.8 MAG (SN-1-O-(CIS-8)HEXADECENYLGLYCEROL) WAS USED IN A RATIO OF 1:20 (MOL/MOL) GRAMICIDIN D TO 8.8 MAG.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月22日 / 詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→30.15 Å / Num. obs: 28320 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.26→1.29 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y5M

2y5m


解像度: 1.26→30.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.027 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 15P A1016 IN THIS ENTRY WAS NAMED PEG-A IN THE PRIMARY CITATION. RESIDUES 15P A1017 AND 15P A1018 IN THIS ENTRY WERE NAMED PEG-B AND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 15P A1016 IN THIS ENTRY WAS NAMED PEG-A IN THE PRIMARY CITATION. RESIDUES 15P A1017 AND 15P A1018 IN THIS ENTRY WERE NAMED PEG-B AND PEG-B' RESPECTIVELY IN THE PRIMARY CITATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16983 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.14803 ---
obs0.14917 28320 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å2-0.5 Å2
2--1.77 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→30.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数816 0 98 2 916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7751.9481342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.523592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6042024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.7631540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1331.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.552780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.053496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7754.5558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.80431014
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.26332
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.43972
LS精密化 シェル解像度: 1.258→1.291 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 94 -
Rwork0.197 1670 -
obs--76.9 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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