PDB-2lcz: NMR Structure of the Complete Internal Fusion Loop from Ebolaviru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lcz

タイトル

NMR Structure of the Complete Internal Fusion Loop from Ebolavirus GP2 at pH 7.0

要素

Virion spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Gregory, S.M. / Harada, E. / Liang, B. / Tamm, L.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure and function of the complete internal fusion loop from Ebolavirus glycoprotein 2.
著者: Gregory, S.M. / Harada, E. / Liang, B. / Delos, S.E. / White, J.M. / Tamm, L.K.

履歴

登録	2011年5月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lcz.cif.gz	321.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lcz.ent.gz	262.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lcz_validation.pdf.gz	526.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lcz_full_validation.pdf.gz	732.7 KB	表示
XML形式データ	2lcz_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	2lcz_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/2lcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/2lcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lcyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xdc-1 2ruw-d 3twe-d 2dez-d 2y5m-1 2l37-d 4g3b-d 2df0-d 1hhf-d 1sjk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17639

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Virion spike glycoprotein

5.95 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Virion spike glycoprotein 分子量: 5947.692 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 507-560 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 遺伝子: GP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9QPL9
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	3D HNCA
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D CBCA(CO)NH
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D HNCO
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	12	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	13	1	3D HNHA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5-1 mM [U-13C; U-15N] Ebolavirus Fusion Loop pH 7.0, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.5-1 mM [U-15N] Ebolavirus Fusion Loop pH 7.0, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
mM	Ebolavirus Fusion Loop pH 7.0-1	[U-13C; U-15N]	0.5-1	1
mM	Ebolavirus Fusion Loop pH 7.0-2	[U-15N]	0.5-1	2

試料状態

イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2
Varian NMRS	Varian	NMRS	600	3

-
解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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