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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31912 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 2.26 A structure of the glutamate dehydrogenase | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Glutamate dehydrogenase / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / mitochondrial inner membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum ...glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / mitochondrial inner membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.26 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Fan HC / Zhang Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: A cryo-electron microscopy support film formed by 2D crystals of hydrophobin HFBI. 著者: Hongcheng Fan / Bo Wang / Yan Zhang / Yun Zhu / Bo Song / Haijin Xu / Yujia Zhai / Mingqiang Qiao / Fei Sun / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful tool to resolve high-resolution structures of biomacromolecules in solution. However, air-water interface induced preferred orientations, ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful tool to resolve high-resolution structures of biomacromolecules in solution. However, air-water interface induced preferred orientations, dissociation or denaturation of biomacromolecules during cryo-vitrification remains a limiting factor for many specimens. To solve this bottleneck, we developed a cryo-EM support film using 2D crystals of hydrophobin HFBI. The hydrophilic side of the HFBI film adsorbs protein particles via electrostatic interactions and sequesters them from the air-water interface, allowing the formation of sufficiently thin ice for high-quality data collection. The particle orientation distribution can be regulated by adjusting the buffer pH. Using this support, we determined the cryo-EM structures of catalase (2.29 Å) and influenza haemagglutinin trimer (2.56 Å), which exhibited strong preferred orientations using a conventional cryo-vitrification protocol. We further show that the HFBI film is suitable to obtain high-resolution structures of small proteins, including aldolase (150 kDa, 3.28 Å) and haemoglobin (64 kDa, 3.6 Å). Our work suggests that HFBI films may have broad future applications in increasing the success rate and efficiency of cryo-EM. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31912.map.gz | 228.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31912-v30.xml emd-31912.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31912_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31912.png | 157.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31912.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_31912_half_map_1.map.gz emd_31912_half_map_2.map.gz | 194 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31912 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31912_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31912_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Glutamate dehydrogenase
全体 | 名称: Glutamate dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: Glutamate dehydrogenase
超分子 | 名称: Glutamate dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 334 KDa |
-分子 #1: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial
分子 | 名称: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 61.60891 KDa |
配列 | 文字列: MYRYLGEALL LSRAGPAALG SASADSAALL GWARGQPAAA PQPGLVPPAR RHYSEAAADR EDDPNFFKMV EGFFDRGASI VEDKLVEDL KTRETEEQKR NRVRSILRII KPCNHVLSLS FPIRRDDGSW EVIEGYRAQH SQHRTPCKGG IRYSTDVSVD E VKALASLM ...文字列: MYRYLGEALL LSRAGPAALG SASADSAALL GWARGQPAAA PQPGLVPPAR RHYSEAAADR EDDPNFFKMV EGFFDRGASI VEDKLVEDL KTRETEEQKR NRVRSILRII KPCNHVLSLS FPIRRDDGSW EVIEGYRAQH SQHRTPCKGG IRYSTDVSVD E VKALASLM TYKCAVVDVP FGGAKAGVKI NPKNYTDNEL EKITRRFTME LAKKGFIGPG VDVPAPDMST GEREMSWIAD TY ASTIGHY DINAHACVTG KPISQGGIHG RISATGRGVF HGIENFINEA SYMSILGMTP GFGDKTFVVQ GFGNVGLHSM RYL HRFGAK CITVGESDGS IWNPDGIDPK ELEDFKLQHG TILGFPKAKI YEGSILEVDC DILIPAASEK QLTKSNAPRV KAKI IAEGA NGPTTPEADK IFLERNIMVI PDLYLNAGGV TVSYFEWLKN LNHVSYGRLT FKYERDSNYH LLMSVQESLE RKFGK HGGT IPIVPTAEFQ DRISGASEKD IVHSGLAYTM ERSARQIMRT AMKYNLGLDL RTAAYVNAIE KVFRVYNEAG VTFT UniProtKB: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 式: PBS |
グリッド | 材質: NICKEL/TITANIUM / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 1635 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |