PDB-2wd8: PTERIDINE REDUCTASE 1 (PTR1) FROM TRYPANOSOMA BRUCEI IN COMPLEX W...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wd8

タイトル

PTERIDINE REDUCTASE 1 (PTR1) FROM TRYPANOSOMA BRUCEI IN COMPLEX WITH NADP AND DDD00071204

要素

PTERIDINE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / DRUG DISCOVERY / TRYPANOSOMATIDS / PTERIDINE REDUCTASE / METHOTREXATE RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Robinson, D.A. / Wyatt, P.G. / Spinks, D. / Brenk, R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: One Scaffold, Three Binding Modes: Novel and Selective Pteridine Reductase 1 Inhibitors Derived from Fragment Hits Discovered by Virtual Screening.
著者: Mpamhanga, C.P. / Spinks, D. / Tulloch, L.B. / Shanks, E.J. / Robinson, D.A. / Collie, I.T. / Fairlamb, A.H. / Wyatt, P.G. / Frearson, J.A. / Hunter, W.N. / Gilbert, I.H. / Brenk, R.

履歴

登録	2009年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references / Other
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wd8.cif.gz	216.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wd8.ent.gz	172.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wd8_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wd8_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	2wd8_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	2wd8_validation.cif.gz	67.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wd7C 3gn1C 3gn2C 2c7vS 2vz0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jq6-d 4cmk-d 4clo-d 6gex-d 3bmq-d 4cm3-d 2x9v-d 3jq8-d 6hnr-d 6hnc-d 4cmg-d 2vz0-d 4cm5-d 3jqf-d 4wcf-d 4clh-d 4cm9-d 2yhu-d 4cm4-d 4cle-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PTERIDINE REDUCTASE

B: PTERIDINE REDUCTASE

C: PTERIDINE REDUCTASE

D: PTERIDINE REDUCTASE

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.640, 89.801, 83.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.77234, -0.04037, -0.63393), (-0.02861, -0.99475, 0.09821), (-0.63457, 0.09399, 0.76713)	-2.46108, 3.76257, -1.03965
2	given	(0.76711, 0.02815, 0.64089), (0.02648, -0.99957, 0.01221), (0.64096, 0.0076, -0.76753)	-13.74795, 5.83686, 37.8665
3	given	(-0.99997, 0.00633, -0.00349), (0.00666, 0.99466, -0.10302), (0.00282, -0.10304, -0.99467)	-16.06685, 1.95278, 37.24812

#1: タンパク質	PTERIDINE REDUCTASE 分子量: 28498.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) プラスミド: PET-TBPTR1H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-VGF / 1-(3,4-DICHLOROBENZYL)-7-PHENYL-1H-BENZIMIDAZOL-2-AMINE 分子量: 368.259 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₅Cl₂N₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 1.8M NA ACETATE, 0.1M CITRATE BUFFER PH6.0, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 48991 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C7V

2c7v

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.964 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22622	2496	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15844	-	-	-
obs	0.16187	46474	84.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.285 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.74 Å²	0 Å²	-1.14 Å²
2-	-	3.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7410	0	246	733	8389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7841
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	2.001	10701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.795	5	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.52	24.267	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.289	15	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.371	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	4425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.615	1.5	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	2	7986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.687	3	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.541	4.5	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	176	-
R_work	0.239	3268	-
obs	-	-	80.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6066	0.0881	-0.054	0.8143	0.124	0.8282	-0.0327	0.1043	-0.0691	-0.0208	0.0304	-0.1718	0.073	0.1815	0.0023	-0.1087	0.0138	-0.0002	-0.1114	-0.011	-0.0871	11.6412	-1.4357	9.4804
2	1.1498	-0.067	0.233	0.7819	0.1109	1.4172	-0.0083	0.1798	0.0569	-0.0689	-0.0188	0.0878	-0.056	-0.0978	0.027	-0.1282	-0.0017	-0.0028	-0.1075	0.017	-0.097	-17.4631	5.9328	-1.3349
3	1.3385	0.0119	0.266	0.5805	-0.2124	2.1613	-0.0182	-0.2255	0.1792	0.1196	-0.0048	-0.1145	-0.2036	0.1543	0.0229	-0.1047	-0.003	-0.0147	-0.0496	-0.0362	-0.0703	1.2538	7.8212	38.0457
4	1.6426	-0.263	-0.1203	0.5395	0.0146	1.2284	-0.0347	-0.1822	-0.1545	0.0549	0.0309	0.1466	0.1108	-0.2169	0.0037	-0.1139	-0.0259	0.0007	-0.0515	0.021	-0.0852	-27.827	-0.3678	28.0032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 268

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