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万見
- PDB-3gn1: Structure of Pteridine Reductase 1 (PTR1) from TRYPANOSOMA BRUCEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn1
タイトルStructure of Pteridine Reductase 1 (PTR1) from TRYPANOSOMA BRUCEI in ternary complex with cofactor (NADP+) and inhibitor (DDD00067116)
要素Pteridine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PTERIDINE REDUCTASE / PTR1 / TRYPANOSOMA BRUCEI / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1H-benzimidazol-2-amine / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tulloch, L.B. / Brenk, R. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: One scaffold, three binding modes: novel and selective pteridine reductase 1 inhibitors derived from fragment hits discovered by virtual screening.
著者: Mpamhanga, C.P. / Spinks, D. / Tulloch, L.B. / Shanks, E.J. / Robinson, D.A. / Collie, I.T. / Fairlamb, A.H. / Wyatt, P.G. / Frearson, J.A. / Hunter, W.N. / Gilbert, I.H. / Brenk, R.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pteridine reductase
B: Pteridine reductase
C: Pteridine reductase
D: Pteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,23413
ポリマ－122,7434
非ポリマー3,4919
水16,141896
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20010 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.641, 90.408, 82.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pteridine reductase


分子量: 30685.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-AX7 / 1H-benzimidazol-2-amine / 2-アミノベンゾイミダゾ-ル


分子量: 133.151 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 2-3M SODIUM ACETATE, 10-100MM SODIUM CITRATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.66 Å / Num. obs: 63246 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.136 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.616 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ALL OF THE 17 RELATED STRUCTURES ARE EXPRESSED FROM THE SAME DNA CONSTRUCT, WHICH ENCODES CYS AT POSITIONS 59 AND 168. CRYSTALS HARVESTED WITHIN A COUPLE OF DAYS OF FORMATION CONTAIN CYS AT ...詳細: ALL OF THE 17 RELATED STRUCTURES ARE EXPRESSED FROM THE SAME DNA CONSTRUCT, WHICH ENCODES CYS AT POSITIONS 59 AND 168. CRYSTALS HARVESTED WITHIN A COUPLE OF DAYS OF FORMATION CONTAIN CYS AT POSITIONS 59 AND 168. HOWEVER THESE TWO RESIDUES APPEAR QUITE REACTIVE AND OVER TIME BECOME OXIDISED TO CSX, AS DETERMINED BY THE EMERGENCE IN OLDER CRYSTALS OF ELECTRON DENSITY FOR THE OD ATOM. SOMETIMES CYS168 REACTS WITH DTT IN THE CRYSTALLISATION BUFFER, COVALENTLY LINKING THE TWO MOLECULES BY AN S-S BOND.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 3203 5.1 %
Rwork0.155 --
obs0.158 63194 94.5 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å2-0.81 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7417 0 230 896 8543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.474210766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04951019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.71524.379306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.362151258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6171548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.24247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.25443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.33245156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1568043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.74483088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.911102706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 189 -
Rwork0.192 4065 -
obs--86.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4099-0.01390.1840.4917-0.07550.5961-0.0110.0873-0.0191-0.0256-0.019-0.0360.05630.1690.03-0.0320.02050.0079-0.0065-0.0032-0.03211.4942-1.64219.4546
20.5207-0.13640.02420.34520.09270.7554-0.02170.0807-0.0174-0.0048-0.02190.0167-0.0177-0.04570.0436-0.02880.0017-0.0091-0.04020.0032-0.0362-17.53196.2459-1.4036
30.83580.03960.07210.4454-0.02540.5028-0.0292-0.11090.05990.01710.0169-0.0096-0.01020.04790.0123-0.01620.0078-0.0142-0.0309-0.0106-0.03891.16787.989237.9548
40.683-0.12520.01070.41640.00210.6643-0.0424-0.035-0.04660.05150.01990.03190.0482-0.13130.0225-0.0286-0.01250.0115-0.0256-0.0048-0.0276-28.064-0.56727.7223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 268
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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