PDB-3bmn: Structure of Pteridine Reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bmn

タイトル

Structure of Pteridine Reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor (NADP+) and inhibitor (Compound AX3)

要素

(Pteridine reductase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / pteridine reductase / ptr1 / trypanosoma brucei / short chain dehydrogenase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Martini, V.P. / Iulek, J. / Tulloch, L.B. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based design of pteridine reductase inhibitors targeting african sleeping sickness and the leishmaniases.
著者: Tulloch, L.B. / Martini, V.P. / Iulek, J. / Huggan, J.K. / Lee, J.H. / Gibson, C.L. / Smith, T.K. / Suckling, C.J. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2007年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bmn.cif.gz	222.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bmn.ent.gz	176 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/3bmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/3bmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bmcC 3bmoC 3bmqC 3jq6C 3jq7C 3jq8C 3jq9C 3jqaC 3jqbC 3jqcC 3jqdC 3jqeC 3jqfC 3jqgC 2c7v 3bms PDB 未公開エントリ 3bmt PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jqg-d 3jqa-d 4cmj-d 3jqd-d 4cm8-d 4clr-d 6gd4-d 3gn1-d 4cm1-d 2c7v-d 4cle-d 4cm7-d 3bmq-d 4cm5-d 6gcl-d 1mxf-d 3jqe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pteridine reductase

B: Pteridine reductase

C: Pteridine reductase

D: Pteridine reductase

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.840, 87.500, 84.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	3 - 102	23 - 122
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	3 - 102	23 - 122
3	1	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	3 - 102	23 - 122
4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	3 - 102	23 - 122
5	2	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	114 - 141	134 - 161
6	2	LYS	LYS	ARG	ARG	B	B	114 - 141	134 - 161
7	2	LYS	LYS	ARG	ARG	C	C	114 - 141	134 - 161
8	2	LYS	LYS	ARG	ARG	D	D	114 - 141	134 - 161
9	3	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	153 - 208	173 - 228
10	3	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	153 - 208	173 - 228
11	3	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	153 - 208	173 - 228
12	3	ASN	ASN	LEU	LEU	D	D	153 - 208	173 - 228
13	4	TRP	TRP	ALA	ALA	A	A	221 - 268	241 - 288
14	4	TRP	TRP	ALA	ALA	B	B	221 - 268	241 - 288
15	4	TRP	TRP	ALA	ALA	C	C	221 - 268	241 - 288
16	4	TRP	TRP	ALA	ALA	D	D	221 - 268	241 - 288

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Pteridine reductase 分子量: 30685.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290
#2: タンパク質	Pteridine reductase 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290

-
非ポリマー , 6種, 558分子

#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-AX3 / N~2~-cyclopropyl-1,3,5-triazine-2,4,6-triamine / シロマジン分子量: 166.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₆
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2-3M sodium acetate, 10-100mM sodium citrate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.98→75.59 Å / Num. obs: 64386 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 26.881 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.12

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.98-2.04	0.343	4.1	18662	5234	1	91.5
2.04-2.1	0.29	5.2	18919	4856	1	95.2
2.1-2.18	0.256	5.8	22074	5653	1	95.2
2.18-2.27	0.189	7.6	21301	5458	1	95.6
2.27-2.37	0.179	7.9	20184	5167	1	95.6
2.37-2.49	0.147	9.2	20102	5152	1	95.7
2.49-2.65	0.126	10.6	21522	5517	1	96.2
2.65-2.86	0.096	13.3	21592	5552	1	96.7
2.86-3.14	0.069	17.2	20325	5250	1	96.8
3.14-3.6	0.048	22.5	21020	5486	1	96.9
3.6-4.53	0.034	29.4	20632	5466	1	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→75.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 6.938 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS All of the 17 related structures are expressed from the same DNA construct, which encodes CYS at positions 59 and 168. Crystals harvested ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	3209	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.209	64384	96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.048 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.63 Å²	0 Å²	-1.84 Å²
2-	-	3.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→75.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7501	0	292	540	8333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.028	2.006	11035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.043	3.001	17389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.195	5	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.69	24.295	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.078	15	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.869	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	8556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.25	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.54	2	6545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.234	2	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.919	3	8182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.661	4.5	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.783	6	2813

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1312	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	B	1312	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	C	1312	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
4	D	1312	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	1741	LOOSE POSITIONAL	0.7	5
2	B	1741	LOOSE POSITIONAL	0.76	5
3	C	1741	LOOSE POSITIONAL	0.77	5
4	D	1741	LOOSE POSITIONAL	0.7	5
1	A	1312	TIGHT THERMAL	0.07	0.25
2	B	1312	TIGHT THERMAL	0.07	0.25
3	C	1312	TIGHT THERMAL	0.06	0.25
4	D	1312	TIGHT THERMAL	0.07	0.25
1	A	1741	LOOSE THERMAL	1.57	5
2	B	1741	LOOSE THERMAL	1.74	5
3	C	1741	LOOSE THERMAL	1.55	5
4	D	1741	LOOSE THERMAL	1.57	5

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	212	-
R_work	0.313	4262	-
all	-	4474	-
obs	-	-	90.93 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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