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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pcp | ||||||
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タイトル | ANTIBODY FAB COMPLEXED WITH PHENCYCLIDINE | ||||||
![]() | (IMMUNOGLOBULIN) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lim, K. / Owens, S.M. / Arnold, L. / Sacchettini, J.C. / Linthicum, D.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of monoclonal 6B5 Fab complexed with phencyclidine. 著者: Lim, K. / Owens, S.M. / Arnold, L. / Sacchettini, J.C. / Linthicum, D.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THERE ARE TWO FAB MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE LIGHT CHAINS ARE NAMED A AND C, AND THE HEAVY CHAINS ARE NAMED B AND D. |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23850.471 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 詳細: COMPLEXED WITH 1-(1-PHENYLCYCLOHEXYL) PIPERIDINE (PCP, OR PHENCYCLIDINE) 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23247.877 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 詳細: COMPLEXED WITH 1-(1-PHENYLCYCLOHEXYL) PIPERIDINE (PCP, OR PHENCYCLIDINE) 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FAB MOLECULES ARE NUMBERED ACCORDING TO KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, H.M.PERRY, K.S.GOTTESMAN, AND ...THE FAB MOLECULES ARE NUMBERED ACCORDING TO KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, H.M.PERRY, K.S.GOTTESMAN, AND C.FOELLER, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 33694 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 63.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 69236 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4FAB AND 1GIG 解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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