[日本語] English
万見
- PDB-2pcp: ANTIBODY FAB COMPLEXED WITH PHENCYCLIDINE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pcp
タイトルANTIBODY FAB COMPLEXED WITH PHENCYCLIDINE
要素(IMMUNOGLOBULIN) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lim, K. / Owens, S.M. / Arnold, L. / Sacchettini, J.C. / Linthicum, D.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of monoclonal 6B5 Fab complexed with phencyclidine.
著者: Lim, K. / Owens, S.M. / Arnold, L. / Sacchettini, J.C. / Linthicum, D.S.
履歴
登録1998年6月2日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN
B: IMMUNOGLOBULIN
C: IMMUNOGLOBULIN
D: IMMUNOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6836
ポリマ－94,1974
非ポリマー4872
水12,214678
1
A: IMMUNOGLOBULIN
B: IMMUNOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3423
ポリマ－47,0982
非ポリマー2431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
C: IMMUNOGLOBULIN
D: IMMUNOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3423
ポリマ－47,0982
非ポリマー2431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.460, 67.720, 68.040
Angle α, β, γ (deg.)62.11, 84.66, 83.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THERE ARE TWO FAB MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE LIGHT CHAINS ARE NAMED A AND C, AND THE HEAVY CHAINS ARE NAMED B AND D.

-
要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23850.471 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPLEXED WITH 1-(1-PHENYLCYCLOHEXYL) PIPERIDINE (PCP, OR PHENCYCLIDINE)
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: PC4203
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23247.877 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPLEXED WITH 1-(1-PHENYLCYCLOHEXYL) PIPERIDINE (PCP, OR PHENCYCLIDINE)
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-1PC / 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE / PHENCYCLIDINE / フェンシクリジン


分子量: 243.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB MOLECULES ARE NUMBERED ACCORDING TO KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, H.M.PERRY, K.S.GOTTESMAN, AND ...THE FAB MOLECULES ARE NUMBERED ACCORDING TO KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, H.M.PERRY, K.S.GOTTESMAN, AND C.FOELLER, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 1991).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
22.2 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 33694 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 63.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 69236
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FAB AND 1GIG

4fab

1gig


解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 3074 7.8 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 31830 78.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6628 0 36 678 7342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.286
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る