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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24881 | |||||||||
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タイトル | Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation | |||||||||
![]() | Cropped map file from the original 928x928x928 pixel size map | |||||||||
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![]() | Adenovirus / ts1 mutant / minor protein precursors / virus maturation / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hexon binding / protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral life cycle / host cell ...hexon binding / protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral life cycle / host cell / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
![]() | Reddy VS / Yu X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a Cell Entry Defective Human Adenovirus Provides Insights into Precursor Proteins and Capsid Maturation. 著者: Xiaodi Yu / Tina-Marie Mullen / Vahid Abrishami / Juha T Huiskonen / Glen R Nemerow / Vijay S Reddy / ![]() ![]() 要旨: Maturation of adenoviruses is distinguished by proteolytic processing of several interior minor capsid proteins and core proteins by the adenoviral protease and subsequent reorganization of ...Maturation of adenoviruses is distinguished by proteolytic processing of several interior minor capsid proteins and core proteins by the adenoviral protease and subsequent reorganization of adenovirus core. We report the results derived from the icosahedrally averaged cryo-EM structure of a cell entry defective form of adenovirus, designated ts1, at a resolution of 3.7 Å as well as of the localized reconstructions of unique hexons and penton base. The virion structure revealed the structures and organization of precursors of minor capsid proteins, pIIIa, pVI and pVIII, which are closely associated with the hexons on the capsid interior. In addition to a well-ordered helical domain (a.a. 310-397) of pIIIa, highlights of the structure include the precursors of VIII display significantly different structures near the cleavage sites. Moreover, we traced residues 4-96 of the membrane lytic protein (pVI) that includes an amphipathic helix occluded deep in the hexon cavity suggesting the possibility of co-assembly of hexons with the precursors of VI. In addition, we observe a second copy of pVI ordered up to residue L40 in the peripentonal hexons and a few fragments of density corresponding to 2nd and 3rd copies of pVI in other hexons. However, we see no evidence of precursors of VII binding in the hexon cavity. These findings suggest the possibility that differently bound pVI molecules undergo processing at the N-terminal cleavage sites at varying efficiencies, subsequently creating competition between the cleaved and uncleaved forms of VI, followed by reorganization, processing, and release of VI molecules from the hexon cavities. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 33.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 213 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 859.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 859.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Cropped map file from the original 928x928x928 pixel size map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus C serotype 5
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human adenovirus C serotype 5
超分子 | 名称: Human adenovirus C serotype 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus C serotype 5 / Sci species strain: Ad2-ts1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 150 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1000.0 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-分子 #1: Hexon protein
分子 | 名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 108.107617 KDa |
配列 | 文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV ...文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV FGQAPYSGIN ITKEGIQIGV EGQTPKYADK TFQPEPQIGE SQWYETEINH AAGRVLKKTT PMKPCYGSYA KP TNENGGQ GILVKQQNGK LESQVEMQFF STTEATAGNG DNLTPKVVLY SEDVDIETPD THISYMPTIK EGNSRELMGQ QSM PNRPNY IAFRDNFIGL MYYNSTGNMG VLAGQASQLN AVVDLQDRNT ELSYQLLLDS IGDRTRYFSM WNQAVDSYDP DVRI IENHG TEDELPNYCF PLGGVINTET LTKVKPKTGQ ENGWEKDATE FSDKNEIRVG NNFAMEINLN ANLWRNFLYS NIALY LPDK LKYSPSNVKI SDNPNTYDYM NKRVVAPGLV DCYINLGARW SLDYMDNVNP FNHHRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMVL QSSLGNDLRV DGASIKFDSI CLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTND QS FNDYLSAANM LYPIPANATN VPISIPSRNW AAFRGWAFTR LKTKETPSLG SGYDPYYTYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V AITFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML ANYNIGYQGF YIPESYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDDTK YKDYQQVGIL HQHNNSGFVG YLAPTMREGQ AYPANFPYPL IGKTAVDSIT QKKFLCDRTL WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNLLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYVL FEVFDVVRVH RPHRGVIETV YLRTPFSAGN ATT UniProtKB: Hexon protein |
-分子 #2: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 63.356602 KDa |
配列 | 文字列: MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF ...文字列: MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF TLPEGNYSET MTIDLMNNAI VEHYLKVGRQ NGVLESDIGV KFDTRNFRLG FDPVTGLVMP GVYTNEAFHP DI ILLPGCG VDFTHSRLSN LLGIRKRQPF QEGFRITYDD LEGGNIPALL DVDAYQASLK DDTEQGGGGA GGSNSSGSGA EEN SNAAAA AMQPVEDMND HAIRGDTFAT RAEEKRAEAE AAAEAAAPAA QPEVEKPQKK PVIKPLTEDS KKRSYNLISN DSTF TQYRS WYLAYNYGDP QTGIRSWTLL CTPDVTCGSE QVYWSLPDMM QDPVTFRSTR QISNFPVVGA ELLPVHSKSF YNDQA VYSQ LIRQFTSLTH VFNRFPENQI LARPPAPTIT TVSENVPALT DHGTLPLRNS IGGVQRVTIT DARRRTCPYV YKALGI VSP RVLSSRTF UniProtKB: Penton protein |
-分子 #3: Pre-hexon-linking protein IIIa
分子 | 名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 65.322805 KDa |
配列 | 文字列: MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL ...文字列: MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL RLMVTETPQS EVYQSGPDYF FQTSRQGLQT VNLSQAFKNL QGLWGVRAPT GDRATVSSLL TPNSRLLLLL IA PFTDSGS VSRDTYLGHL LTLYREAIGQ AHVDEHTFQE ITSVSRALGQ EDTGSLEATL NYLLTNRRQK IPSLHSLNSE EER ILRYVQ QSVSLNLMRD GVTPSVALDM TARNMEPGMY ASNRPFINRL MDYLHRAAAV NPEYFTNAIL NPHWLPPPGF YTGG FEVPE GNDGFLWDDI DDSVFSPQPQ TLLELQQREQ AEAALRKESF RRPSSLSDLG AAAPRSDASS PFPSLIGSLT STRTT RPRL LGEEEYLNNS LLQPQREKNL PPAFPNNGIE SLVDKMSRWK TYAQEHRDVP GPRPPTRRQR HDRQRGLVWE DDDSAD DSS VLDLGGSGNP FAHLRPRLGR MF UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa |
-分子 #4: Hexon-interlacing protein
分子 | 名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 14.468134 KDa |
配列 | 文字列: MSTNSFDGSI VSSYLTTRMP PWAGVRQNVM GSSIDGRPVL PANSTTLTYE TVSGTPLETA ASAAASAAAA TARGIVTDFA FLSPLASSA ASRSSARDDK LTALLAQLDS LTRELNVVSQ QLLDLRQQVS ALKASSPPNA V UniProtKB: Hexon-interlacing protein |
-分子 #5: Pre-hexon-linking protein VIII
分子 | 名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 24.71059 KDa |
配列 | 文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI ...文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI LTLQTSSSEP RSGGIGTLQF IEEFVPSVYF NPFSGPPGHY PDQFIPNFDA VKDSADGYD UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII |
-分子 #6: Pre-protein VI
分子 | 名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 27.02751 KDa |
配列 | 文字列: MEDINFASLA PRHGSRPFMG NWQDIGTSNM SGGAFSWGSL WSGIKNFGST VKNYGSKAWN SSTGQMLRDK LKEQNFQQKV VDGLASGIS GVVDLANQAV QNKINSKLDP RPPVEEPPPA VETVSPEGRG EKRPRPDREE TLVTQIDEPP SYEEALKQGL P TTRPIAPM ...文字列: MEDINFASLA PRHGSRPFMG NWQDIGTSNM SGGAFSWGSL WSGIKNFGST VKNYGSKAWN SSTGQMLRDK LKEQNFQQKV VDGLASGIS GVVDLANQAV QNKINSKLDP RPPVEEPPPA VETVSPEGRG EKRPRPDREE TLVTQIDEPP SYEEALKQGL P TTRPIAPM ATGVLGQHTP VTLDLPPPAD TQQKPVLPGP TAVVVTRPSR ASLRRAASGP RSLRPVASGN WQSTLNSIVG LG VQSLKRR RCF UniProtKB: Pre-protein VI |
-分子 #7: Unknown-1
分子 | 名称: Unknown-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 1.379692 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #8: Unknown-2
分子 | 名称: Unknown-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ad2-ts1 |
分子量 | 理論値: 869.063 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.1 / 構成要素 - 濃度: 40.0 mM / 構成要素 - 名称: Tris / 詳細: 40 mM Tris, pH 8.1 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 詳細: 20mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1510 / 平均電子線量: 12.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |