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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22749 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with neutralizing Fab 2B04 (local refinement) | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 Spike in the one up, 2 down conformation, bound by 2B04 Fabs | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Errico JM / Fremont DH / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Structural mechanism of SARS-CoV-2 neutralization by two murine antibodies targeting the RBD. 著者: John M Errico / Haiyan Zhao / Rita E Chen / Zhuoming Liu / James Brett Case / Meisheng Ma / Aaron J Schmitz / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Pei-Yong Shi / Michael S Diamond / Sean P ...著者: John M Errico / Haiyan Zhao / Rita E Chen / Zhuoming Liu / James Brett Case / Meisheng Ma / Aaron J Schmitz / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Pei-Yong Shi / Michael S Diamond / Sean P J Whelan / Ali H Ellebedy / Daved H Fremont / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has necessitated the rapid development of antibody-based therapies and vaccines as countermeasures. Here, we use cryoelectron ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has necessitated the rapid development of antibody-based therapies and vaccines as countermeasures. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to characterize two protective anti-SARS-CoV-2 murine monoclonal antibodies (mAbs) in complex with the spike protein, revealing similarities between epitopes targeted by human and murine B cells. The more neutralizing mAb, 2B04, binds the receptor-binding motif (RBM) of the receptor-binding domain (RBD) and competes with angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By contrast, 2H04 binds adjacent to the RBM and does not compete for ACE2 binding. Naturally occurring sequence variants of SARS-CoV-2 and corresponding neutralization escape variants selected in vitro map to our structurally defined epitopes, suggesting that SARS-CoV-2 might evade therapeutic antibodies with a limited set of mutations, underscoring the importance of combination mAb therapeutics. Finally, we show that 2B04 neutralizes SARS-CoV-2 infection by preventing ACE2 engagement, whereas 2H04 reduces host cell attachment without directly disrupting ACE2-RBM interactions, providing distinct inhibitory mechanisms used by RBD-specific mAbs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22749.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22749-v30.xml emd-22749.xml | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22749_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22749.png | 177.9 KB | ||
マスクデータ | emd_22749_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_22749_additional_1.map.gz emd_22749_half_map_1.map.gz emd_22749_half_map_2.map.gz | 590.8 KB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22749 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22749 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22749_validation.pdf.gz | 847.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22749_full_validation.pdf.gz | 846.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22749_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22749_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22749 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22749 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 Spike in the one up, 2 down conformation, bound by 2B04 Fabs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22749_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally refined map truncated to region around the...
ファイル | emd_22749_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally refined map truncated to region around the RBD/Fv models, used for model building and refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_22749_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_22749_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of SARS-CoV-2 Spike with Fab fragment of monoclonal antib...
全体 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 Spike with Fab fragment of monoclonal antibody 2B04 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 Spike with Fab fragment of monoclonal antib...
超分子 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 Spike with Fab fragment of monoclonal antibody 2B04 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Fab fragments generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 Spike
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-超分子 #3: Fab fragment of monoclonal antibody 2B04
超分子 | 名称: Fab fragment of monoclonal antibody 2B04 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.873496 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGP |
-分子 #2: 2B04 heavy chain
分子 | 名称: 2B04 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.162778 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLKQSGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLI NYAISWVRQP PGKGLEWLGV IWTGGGTNYN SALKSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTDD TARYYCARKD YYGRYYGMDY WGQGTSVTVS |
-分子 #3: 2B04 light chain
分子 | 名称: 2B04 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.530766 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQE KPDHLFTGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNHWV FGGGTKLTVL |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製 #1
Preparation ID | 1 |
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濃度 | 1.0 mg/mL |
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-試料調製 #2
Preparation ID | 2 |
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濃度 | 0.2 mg/mL |
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector. エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-45 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |