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- PDB-5umn: Crystal structure of C05 VPGSGW mutant bound to H3 influenza hema... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umn
タイトルCrystal structure of C05 VPGSGW mutant bound to H3 influenza hemagglutinin, HA1 subunit
要素
  • Antibody C05 VPGSGW mutant, heavy chain
  • Antibody C05, light chain
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza / Fab / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI117675 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: In vitro evolution of an influenza broadly neutralizing antibody is modulated by hemagglutinin receptor specificity.
著者: Nicholas C Wu / Geramie Grande / Hannah L Turner / Andrew B Ward / Jia Xie / Richard A Lerner / Ian A Wilson /
要旨: The relatively recent discovery and characterization of human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza virus provide valuable insights into antiviral and vaccine development. ...The relatively recent discovery and characterization of human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza virus provide valuable insights into antiviral and vaccine development. However, the factors that influence the evolution of high-affinity bnAbs remain elusive. We therefore explore the functional sequence space of bnAb C05, which targets the receptor-binding site (RBS) of influenza haemagglutinin (HA) via a long CDR H3. We combine saturation mutagenesis with yeast display to enrich for C05 variants of CDR H3 that bind to H1 and H3 HAs. The C05 variants evolve up to 20-fold higher affinity but increase specificity to each HA subtype used in the selection. Structural analysis reveals that the fine specificity is strongly influenced by a highly conserved substitution that regulates receptor binding in different subtypes. Overall, this study suggests that subtle natural variations in the HA RBS between subtypes and species may differentially influence the evolution of high-affinity bnAbs.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Antibody C05 VPGSGW mutant, heavy chain
D: Antibody C05, light chain
E: Antibody C05 VPGSGW mutant, heavy chain
F: Antibody C05, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,36417
ポリマ－160,1256
非ポリマー2,23911
水20,0511113
1
A: Hemagglutinin
E: Antibody C05 VPGSGW mutant, heavy chain
F: Antibody C05, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7436
ポリマ－80,0623
非ポリマー6813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31360 Å2
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
C: Antibody C05 VPGSGW mutant, heavy chain
D: Antibody C05, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,62111
ポリマ－80,0623
非ポリマー1,5588
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.344, 88.344, 255.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 Antibody C05 VPGSGW mutant, heavy chain


分子量: 26304.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 Antibody C05, light chain


分子量: 23367.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 30391.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1120分子

#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 9% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→88.4 Å / Num. obs: 136341 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rpim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13627 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.353 / Rsym value: 0.82 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4FP8

4fp8


解像度: 1.97→88.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.696 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 6721 4.9 %RANDOM
Rwork0.18124 ---
obs0.18254 129540 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→88.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10771 0 147 1113 12031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01911245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.95915282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.966323473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05851421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66924.304460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.181151781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3441557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1151.7945681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1121.7945680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it22.6777103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other22.6777104
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2171.9855564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1881.9845562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.042.8888179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.44922.38512329
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.44922.39212330
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.971→2.022 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 475 -
Rwork0.244 9516 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4324-0.13420.17660.92080.03490.969-0.03720.0706-0.11640.02670.0126-0.08920.10650.08260.02450.12590.00930.01780.12490.00860.0779-0.370284.361341.446
22.14720.11170.5670.99430.1271.2509-0.04850.07280.1593-0.0807-0.04320.115-0.2656-0.07050.09170.1440.0084-0.02020.0877-0.01550.07827.0442111.715549.322
30.55050.1747-0.08681.41760.72980.8205-0.0509-0.0971-0.07670.07660.0457-0.0103-0.00020.00380.00520.0572-0.0043-0.00210.1585-0.0090.133729.055472.721714.7334
40.9483-0.1397-0.27741.32130.5190.9434-0.02790.0554-0.0772-0.01740.0417-0.0862-0.00390.057-0.01390.00510.00790.00790.1365-0.0350.105844.607569.60944.8252
50.04550.00640.05691.5603-0.43180.36270.0032-0.0665-0.01840.0706-0.0617-0.16570.04390.02280.05850.1063-0.0059-0.00020.16590.03050.13071.0788134.998617.7195
60.44510.31950.00921.2557-0.34240.44990.0097-0.0065-0.002-0.02570.01260.10320.0845-0.0226-0.02230.09620.00640.00690.129-0.00570.07-11.5451138.16483.9803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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