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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ejk | ||||||
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Title | Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome | ||||||
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![]() | Transferase/DNA / RSV / integrase / intasome / Transferase-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / ribonuclease H / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / ribonuclease H / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yin, Z. / Shi, K. / Banerjee, S. / Aihara, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome. Authors: Yin, Z. / Shi, K. / Banerjee, S. / Pandey, K.K. / Bera, S. / Grandgenett, D.P. / Aihara, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 844.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 522.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 30574.482 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 573-842 / Mutation: C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P03354, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, Transferases; ...References: UniProt: P03354, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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-DNA chain , 4 types, 8 molecules ILJMKNkn
#2: DNA chain | Mass: 13047.456 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() #3: DNA chain | Mass: 6716.363 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() #4: DNA chain | Mass: 2343.552 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #5: DNA chain | Mass: 2432.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 2 types, 44 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/W.gif)
![](data/chem/img/W.gif)
#6: Chemical | ChemComp-ZN / #7: Chemical | ChemComp-W / |
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-Details
Nonpolymer details | The 12-POLYTUNGSTATE cluster (W) represent the ligand E43 (H2 O40 W12) and the oxygens in these 3 ...The 12-POLYTUNGST |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.12 Å3/Da / Density % sol: 70.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: Sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.61→49.248 Å / Num. obs: 52483 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 13.9 % / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 0.147 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FW1, 1K6Y Resolution: 3.8→49.215 Å / SU ML: 0.84 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.96 / Stereochemistry target values: ML Details: The data were processed to 3.6A, and the refinement is done upto 3.8A
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→49.215 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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