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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oel | ||||||
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タイトル | CONFORMATIONAL VARIABILITY IN THE REFINED STRUCTURE OF THE CHAPERONIN GROEL AT 2.8 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
要素 | GROEL (HSP60 CLASS) | ||||||
キーワード | CHAPERONIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Braig, K. / Adams, P.D. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Conformational variability in the refined structure of the chaperonin GroEL at 2.8 A resolution. 著者: Braig, K. / Adams, P.D. / Brunger, A.T. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of the Bacterial Chaperonin Groel at 2.8 Angstrom 著者: Braig, K. / Otwinowski, Z. / Hegde, R. / Boisvert, D.C. / Joachimiak, A. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Residues in Chaperonin Groel Required for Polypeptide Binding and Release 著者: Fenton, W.A. / Kashi, Y. / Furtak, K. / Horwich, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oel.cif.gz | 648.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oel.ent.gz | 539.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oel.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oel_validation.pdf.gz | 420.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oel_full_validation.pdf.gz | 498.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oel_validation.xml.gz | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oel_validation.cif.gz | 113.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oel | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57128.293 Da / 分子数: 7 / 変異: R13G, A126V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / 解説: OVER-EXPRESSION PLASMID / 遺伝子: GROEL / プラスミド: IQ-TRC / 遺伝子 (発現宿主): GROEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 28 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→8.01 Å / Num. obs: 117943 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.89 Å / Rfactor Rfree: 32.2 / Total num. of bins used: 10 / Rfactor obs: 28.9 |