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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sv5 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF K103N MUTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R165335 | ||||||
要素 | (Reverse Transcriptase逆転写酵素) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / RT / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / DRUG RESISTANCE (薬剤耐性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...: / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Das, K. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of TMC125-R165335 (Etravirine) and Related Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly ...タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of TMC125-R165335 (Etravirine) and Related Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly Potent and Effective against Wild-Type and Drug-Resistant HIV-1 Variants 著者: Das, K. / Clark Jr., A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / ...著者: Das, K. / Clark Jr., A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M.A. / Andries, K. / Pauwles, R. / Debethune, M.-P. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Jr., A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. ...著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Jr., A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Koepke, M. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO Complexed with Wild-Type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO Complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT Drug-Resistant Mutant 著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure and Functional Implications of the Polymerase Active Site Region in a Complex of HIV-1 RT with a Double-Stranded DNA Template-Primer and an Antibody Fab Fragment at 2.8 A Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Hsiou, Y. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2001 タイトル: Evolution of Anti-HIV Drug Candidates. Part 3: Diarylpyrimidine (Dapy) Analogues 著者: Ludovici, D.W. / De Corte, B.L. / Kukla, M.J. / Ye, H. / Ho, C.Y. / Lichtenstein, M.A. / Kavash, R.W. / Andries, K. / De Bethune, M.P. / Azijn, H. / Pauwels, R. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / ...著者: Ludovici, D.W. / De Corte, B.L. / Kukla, M.J. / Ye, H. / Ho, C.Y. / Lichtenstein, M.A. / Kavash, R.W. / Andries, K. / De Bethune, M.P. / Azijn, H. / Pauwels, R. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / Koymans, L.M. / De Jonge, M.R. / Van Aken, K.J. / Daeyaert, F.F. / Das, K. / Arnold, E. / Janssen, P.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sv5.cif.gz | 208.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sv5.ent.gz | 164.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sv5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/1sv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/1sv5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64485.887 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 SUBUNIT / 変異: K103N,C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: BH10 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50266.684 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 SUBUNIT / 変異: K103N,C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: BH10 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-65B / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 % |
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.916 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 32405 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 83.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1939113.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.5657 Å2 / ksol: 0.208521 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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