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- PDB-1qpf: FK506 BINDING PROTEIN (12 KDA, HUMAN) COMPLEX WITH L-709,858 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qpf
タイトルFK506 BINDING PROTEIN (12 KDA, HUMAN) COMPLEX WITH L-709,858
要素PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
キーワードISOMERASE / IMMUNOPHILIN-DRUG COMPLEX / CIS-TRANS ISOMERASE / PEPTIDYL-PROLYL ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor inhibitor activity / macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation ...signaling receptor inhibitor activity / macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / FK506 binding / channel regulator activity / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / regulation of immune response / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / sarcoplasmic reticulum membrane / T cell activation / sarcoplasmic reticulum / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / positive regulation of protein binding / regulation of protein localization / protein refolding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C32-O-(1-ETHYL-INDOL-5-YL)ASCOMYCIN / heptyl beta-D-glucopyranoside / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Becker, J.W. / Rotonda, J.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: 32-Indolyl ether derivatives of ascomycin: three-dimensional structures of complexes with FK506-binding protein.
著者: Becker, J.W. / Rotonda, J. / Cryan, J.G. / Martin, M. / Parsons, W.H. / Sinclair, P.J. / Wiederrecht, G. / Wong, F.
#1: ジャーナル: Transplantation / 年: 1998
タイトル: A Tacrolimus-Related Immunosuppressant with Biochemical Properties Distinct from Those of Tacrolimus.
著者: Peterson, L.B. / Cryan, J.G. / Rosa, R. / Martin, M.M. / Wilusz, M.B. / Sinclair, P.J. / Wong, F. / Parsons, J.N. / O'Keefe, S.J. / Parsons, W.H. / Wyvratt, M. / Sigal, N.H. / Williamson, A.R. / Wiederrecht, G.J.
#2: ジャーナル: Transplantation / 年: 1998
タイトル: A Tacrolimus-Related Immunosuppressant with Reduced Toxicity.
著者: Dumont, F.J. / Koprak, S. / Staruch, M.J. / Talento, A. / Koo, G. / Dasilva, C. / Sinclair, P.J. / Wong, F. / Woods, J. / Barker, J. / Pivnichny, J. / Singer, I. / H Sigal, N. / Williamson, A. ...著者: Dumont, F.J. / Koprak, S. / Staruch, M.J. / Talento, A. / Koo, G. / Dasilva, C. / Sinclair, P.J. / Wong, F. / Woods, J. / Barker, J. / Pivnichny, J. / Singer, I. / H Sigal, N. / Williamson, A.R. / Parsons, W.H. / Wyvratt, M.
#3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 1996
タイトル: Preparation and in Vitro Activities of Naphthyl and Indolyl Ether Derivatives of the Fk-506 Related Immunosuppressive Macrolide Ascomycin.
著者: Sinclair, P.J. / Wong, F. / Staruch, M.J. / Wiederrecht, G. / Parsons, W.H. / Dumont, F. / Wyvratt, M.
履歴
登録1999年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
D: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8225
ポリマ－23,6732
非ポリマー2,1493
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

D: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

D: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,64310
ポリマ－47,3464
非ポリマー4,2976
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
crystal symmetry operation5_564y,-x+y+1,z-1/61
crystal symmetry operation8_566x-y,-y+1,-z+11
Buried area10900 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1006
ポリマ－23,6732
非ポリマー2,4274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
手法PQS
4
D: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

D: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5434
ポリマ－23,6732
非ポリマー1,8702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+7/61
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.260, 74.260, 236.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)


分子量: 11836.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942
#2: 化合物 ChemComp-858 / C32-O-(1-ETHYL-INDOL-5-YL)ASCOMYCIN / L-709,858


分子量: 935.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H78N2O12
#3: 糖 ChemComp-B7G / heptyl beta-D-glucopyranoside / HEPTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / heptyl beta-D-glucoside / heptyl D-glucoside / heptyl glucoside / ヘプチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O6
識別子タイププログラム
heptyl-b-D-GlucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化pH: 5.6
詳細: AMMOMIUM SULFATE, BETA-HEPTYL- D-GLUCOPYRANOSIDE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
147 %satammonium sulfate1reservoir
20.2 %beta-heptyl D-glucopyranoside1reservoir
30.10 Mpotassium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21
31
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178
検出器
タイプID検出器日付
SIEMENS1AREA DETECTOR1992年3月4日
SIEMENS2AREA DETECTOR1992年3月11日
SIEMENS3AREA DETECTOR1992年3月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→20 Å / Num. obs: 13529 / % possible obs: 71.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.86 % / Biso Wilson estimate: 27.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 26.63
反射 シェル解像度: 2.26→2.4 Å / 冗長度: 1.54 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 33

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PROTEIN PORTION OF PDB ENTRY 1FKD

1fkd


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 1105 10.2 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 10793 76.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 153 57 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 61 9.4 %
Rwork0.34 589 -
obs--47.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.2436 / Rfactor Rfree: 0.3096
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.13
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.347 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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