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Yorodumi- PDB-6eby: Crystal structure of the MbtH-like protein FscK bound to the inte... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6eby | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the MbtH-like protein FscK bound to the interface forming region of FscH adenylation domain from Thermobifida fusca | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / MbtH-like protein / adenylation domain / domain activation | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsiderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Thermobifida fusca (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Comprehensive analysis of protein-protein interactions between MbtH-like protein FscK and adenylation domains in nonribosomal biosynthesis of Fuscachelins. Authors: Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6eby.cif.gz | 122.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6eby.ent.gz | 96.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6eby.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6eby_validation.pdf.gz | 434.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6eby_full_validation.pdf.gz | 435.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6eby_validation.xml.gz | 13.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6eby_validation.cif.gz | 18.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/6eby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/6eby | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6ea3SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 9094.947 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Thermobifida fusca (strain YX) (bacteria)Strain: YX / Gene: Tfu_1863 / Plasmid: pET30a / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 8291.432 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Thermobifida fusca (strain YX) (bacteria)Strain: YX / Gene: Tfu_1866 / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.77 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: PEG 3350, sodium chloride, BisTris |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2015 | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.85→58.29 Å / Num. obs: 23530 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 16.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 180172 / Scaling rejects: 249 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6EA3 Resolution: 1.85→29.452 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.73
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 78.4 Å2 / Biso mean: 21.0742 Å2 / Biso min: 4.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→29.452 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Thermobifida fusca (bacteria)
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