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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eby | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of the MbtH-like protein FscK bound to the interface forming region of FscH adenylation domain from Thermobifida fusca | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / MbtH-like protein / adenylation domain / domain activation | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報siderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() Thermobifida fusca (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Comprehensive analysis of protein-protein interactions between MbtH-like protein FscK and adenylation domains in nonribosomal biosynthesis of Fuscachelins. 著者: Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 6eby.cif.gz | 122.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb6eby.ent.gz | 96.6 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 6eby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 6eby_validation.pdf.gz | 434.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 6eby_full_validation.pdf.gz | 435.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 6eby_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 6eby_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/6eby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/6eby | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 9094.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)株: YX / 遺伝子: Tfu_1863 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 8291.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)株: YX / 遺伝子: Tfu_1866 / 発現宿主: ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, sodium chloride, BisTris |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日 | ||||||||||||||||||||||||
| 放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 1.85→58.29 Å / Num. obs: 23530 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 16.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 180172 / Scaling rejects: 249 | ||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 6EA3 解像度: 1.85→29.452 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.73
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 78.4 Å2 / Biso mean: 21.0742 Å2 / Biso min: 4.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→29.452 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について





Thermobifida fusca (バクテリア)
X線回折
引用


PDBj







