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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qo0 | ||||||
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タイトル | Amide receptor of the amidase operon of Pseudomonas aeruginosa (AmiC) complexed with the negative regulator AmiR. | ||||||
要素 |
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キーワード | BINDING PROTEIN (結合タンパク質) / GENE REGULATOR / RECEPTOR (受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amide binding / cellular catabolic process / regulation of amide catabolic process / positive regulation of hydrolase activity / carbon utilization / amino acid transport / transcription antitermination / kinase activity / リン酸化 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. / Roe, S.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 1999 タイトル: Crystal Structure and Induction Mechanism of Amic-Amir: A Ligand-Regulated Transcription Antitermination Complex 著者: O'Hara, B.P. / Norman, R.A. / Wan, P.T.C. / Roe, S.M. / Barrett, T.E. / Drew, R.E. / Pearl, L.H. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Amic: The Controller of Transcription Antitermination in the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa 著者: Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. / Drew, R.E. / Wilson, S.W. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: Antitermination of Amidase Expression in Pseudomonas Aeruginosa is Controlled by a Novel Cytoplasmic Amide- Binding Protein 著者: Wilson, S.A. / Wachira, S.J. / Drew, R.E. / Jones, D. / Pearl, L.H. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Data for the Negative Regulator (Amic) of the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa 著者: Wilson, S.A. / Chayen, N.E. / Hemmings, A.M. / Drew, R.E. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qo0.cif.gz | 246.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qo0.ent.gz | 196.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qo0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/1qo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/1qo0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42960.031 Da / 分子数: 2 / 断片: AMIDE RECEPTOR / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH BUTYRAMIDE MOLECULE / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAC1 / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P27017 #2: タンパク質 | 分子量: 21903.287 Da / 分子数: 2 / 断片: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAC1 / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P10932 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SWISSPROT HAS THE WRONG SEQUENCE, STRUCTURE IS CORRECT. CHAINS A AND B GLN 27 SWS P27017 HIS 26 ARG ...SWISSPROT HAS THE WRONG SEQUENCE, STRUCTURE IS CORRECT. CHAINS A AND B GLN 27 SWS P27017 HIS 26 ARG 28 SWS P27017 ALA 27 CHAINS D AND E ARG 64 SWS P10932 GLY 27 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: CRYSTALLISATION WAS BY MICRO-BATCH AND STREAK SEEDING. WELLS CONTAINED 8-8.5% PEG4000, 20%(V/V) 2-PROPANOL, 50MM SODIUM CITRATE BUFFERED AT PH 5.6 AND AMIC-AMIR COMPLEX AT 5MG/ML (FINAL CONCENTRATION). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→33.6 Å / Num. obs: 67099 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.36 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.177 / % possible all: 69.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PEA 解像度: 2.25→20 Å / SU B: 6.63 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.24
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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