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- PDB-1qnl: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR OF THE AMIDASE OPERON OF PSEUDO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnl
タイトルAMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR OF THE AMIDASE OPERON OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA (AMIC) COMPLEXED WITH BUTYRAMIDE
要素ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / BINDING PROTEIN / GENE REGULATOR / RECEPTOR / KINASE / REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amide catabolic process / amide binding / amino acid transport / kinase activity
類似検索 - 分子機能
AmiC, periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein domain / Leu/Ile/Val-binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BUTYRAMIDE / Aliphatic amidase expression-regulating protein
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. / Roe, S.M.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Structural Adaptation to Selective Pressure for Altered Ligand Specificity in the Pseudomonas Aeruginosa Amide Receptor, Amic
著者: O'Hara, B.P. / Wilson, S.A. / Lee, A.W.L. / Roe, S.M. / Siligardi, G. / Drew, R.E. / Pearl, L.H.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Amic: The Controller of Transcription Antitermination in the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa
著者: Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. / Drew, R.E. / Wilson, S.A.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Antitermination of Amidase Expression in Pseudomonas Aeruginosa is Controlled by a Novel Cytoplasmic Amide- Binding Protein
著者: Wilson, S.A. / Wachira, S.J. / Drew, R.E. / Jones, D. / Pearl, L.H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Data for the Negative Regulator (Amic) of the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa
著者: Wilson, S.A. / Chayen, N.E. / Hemmings, A.M. / Drew, R.E. / Pearl, L.H.
履歴
登録1999年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0602
ポリマ－42,9731
非ポリマー871
水77543
1
A: ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN
ヘテロ分子

A: ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN
ヘテロ分子

A: ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN
ヘテロ分子

A: ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,2418
ポリマ－171,8924
非ポリマー3484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.150, 104.150, 65.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN / AMIC


分子量: 42973.027 Da / 分子数: 1 / 断片: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR, RESIDUES 7-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BUTYRAMIDE COMPLEX / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAC1 / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P27017
#2: 化合物 ChemComp-BMD / BUTYRAMIDE


分子量: 87.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SWISSPROT HAS THE WRONG SEQUENCE, STRUCTURE IS CORRECT. GLN 27 UNP P27017 HIS 26 ARG 28 UNP P27017 ALA 27

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: MICROBATCH CRYSTALLISATION. WELLS CONTAIN 12.8MG/ML PAC181-AMIC, 5MM BUTYRAMIDE, 1.36M NA CITRATE, 100MM HEPES-NAOH PH7.5, pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Chayen, N.E., (1992) J. Crystal Growth, 122, 176.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38 Å / Num. obs: 10389 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PEA

1pea


解像度: 2.7→15 Å / SU B: 16.04 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.47
詳細: RESIDUES 2 - 7, 40 - 50, 222 - 226, 347 - 349 AND 376 - 385 IN THIS MOLECULE ARE NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE PRESUMED TO BE DISORDERED. THERE ARE ALSO A FEW OTHER RESIDUES ...詳細: RESIDUES 2 - 7, 40 - 50, 222 - 226, 347 - 349 AND 376 - 385 IN THIS MOLECULE ARE NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE PRESUMED TO BE DISORDERED. THERE ARE ALSO A FEW OTHER RESIDUES THAT COULD NOT BE SATISFACTORILY REFINED, NAMELY: 37, 68, 72, 74, 137, 165, 194, 195, 261, 307, 318, 319, 328, 359. SOME OF THIS ARE MISSING MAIN CHAIN AS WELL AS SIDE CHAIN ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 477 5 %RANDOM
Rwork0.269 ---
obs-9546 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2914 0 6 43 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0290.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.972
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6652.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.9673
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.0124.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0166
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0990.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1930.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2540.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1810.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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