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Yorodumi- PDB-3mml: Allophanate Hydrolase Complex from Mycobacterium smegmatis, Msmeg... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3mml | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Allophanate Hydrolase Complex from Mycobacterium smegmatis, Msmeg0435-Msmeg0436 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Tuberculosis Structural Genomics Consortium / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Allophanate hydrolase subunit 2 / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Gyrase A; domain 2 - #40 / Cyclophilin-like ...: / KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Allophanate hydrolase subunit 2 / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Gyrase A; domain 2 - #40 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Gyrase A; domain 2 / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
| Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Kaufmann, M. / Chernishof, I. / Shin, A. / Germano, D. / Sawaya, M.R. / Waldo, G.S. / Arbing, M.A. / Perry, J. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal Structure of Allphanate Hydrolase Complex from M. smegmatis, Msmeg0435-Msmeg0436 Authors: Kaufmann, M. / Chernishof, I. / Shin, A. / Germano, D. / Sawaya, M.R. / Waldo, G.S. / Arbing, M.A. / Perry, J. / Eisenberg, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3mml.cif.gz | 778.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3mml.ent.gz | 645.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3mml.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mml | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | The biological unit is a heterotetramer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C & D, and chains E,F,G, & H). |
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Components
| #1: Protein | Mass: 34100.336 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: Mc2 155 / Gene: Msmeg0435, MSMEG_0435 / Plasmid: modified pET-DUET-1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 24903.504 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: Mc2 155 / Gene: Msmeg0436, MSMEG_0436 / Plasmid: modified pET-DUET-1 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.17 M ammonium sulfate, 0.085 M tri-sodium citrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97921, 0.97935, 0.97549 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 29, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength |
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| Reflection | Redundancy: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 12.65 / Number: 604054 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.1 / D res high: 2.6 Å / D res low: 500 Å / Num. obs: 155663 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| Reflection | Resolution: 2.5→90 Å / Num. all: 163304 / Num. obs: 163304 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 14648 / Χ2: 1.049 / % possible all: 83.6 |
-Phasing
| Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Phasing MAD | D res high: 2.6 Å / D res low: 19.98 Å / FOM : 0.191 / FOM acentric: 0.2 / FOM centric: 0.114 / Reflection: 81487 / Reflection acentric: 73444 / Reflection centric: 8043 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phasing MAD set | Lowest resolution: 20 Å
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| Phasing MAD set shell |
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| Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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| Phasing MAD shell |
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| Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 81487 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phasing dm shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.5→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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| Displacement parameters | Biso max: 194.14 Å2 / Biso mean: 50.543 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.302 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→19.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Mycobacterium smegmatis (bacteria)
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