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- PDB-3hj3: Crystal Structure of the ChTS-DHFR F207A Non-Active Site Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hj3
タイトルCrystal Structure of the ChTS-DHFR F207A Non-Active Site Mutant
要素Chain A, crystal structure of Dhfr
キーワードOXIDOREDUCTASE / TS / DHFR / ENZYME / CROSSOVER / NON-ACTIVE SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / METHOTREXATE / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Anderson, K.S. / Martucci, W.E.
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2013
タイトル: Exploring novel strategies for AIDS protozoal pathogens: alpha-helix mimetics targeting a key allosteric protein-protein interaction in C. hominis TS-DHFR.
著者: Martucci, W.E. / Rodriguez, J.M. / Vargo, M.A. / Marr, M. / Hamilton, A.D. / Anderson, K.S.
履歴
登録2009年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32014年1月15日Group: Database references
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chain A, crystal structure of Dhfr
B: Chain A, crystal structure of Dhfr
C: Chain A, crystal structure of Dhfr
D: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,90218
ポリマ－240,7464
非ポリマー7,15614
水4,810267
1
A: Chain A, crystal structure of Dhfr
B: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,34410
ポリマ－120,3732
非ポリマー3,9718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area38640 Å2
手法PISA
2
C: Chain A, crystal structure of Dhfr
D: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5588
ポリマ－120,3732
非ポリマー3,1856
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14570 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area39480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.860, 121.860, 342.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Chain A, crystal structure of Dhfr


分子量: 60186.426 Da / 分子数: 4 / 変異: F207A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: Chro.40506 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CGA3

-
非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-CB3 / 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID


分子量: 477.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O6
#4: 化合物
ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5
#5: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.04M ammonium sulfate, 0.12M lithium sulfate, 0.1M Tris, 16% PEG 6000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 81237 / Num. obs: 77069 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZF

1qzf


解像度: 2.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 4070 -random
Rwork0.228 ---
all0.228 77069 --
obs0.228 77069 99.4 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16526 0 489 267 17282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.24
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 635 -
Rwork0.319 --
obs-12184 95.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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