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- PDB-6pfd: Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfd
タイトルCrystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP and 2-(4-((2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl)benzamido)terephthalic acid.
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Inhibitor / TS / TS-DHFR / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Chem-NDP / Chem-OEJ / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.324 Å
データ登録者Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI083146 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007404 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure activity relationship towards design of cryptosporidium specific thymidylate synthase inhibitors.
著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Deiana, L. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,18025
ポリマ－301,3135
非ポリマー9,86720
水00
1
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,47210
ポリマ－120,5252
非ポリマー3,9478
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14160 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area37290 Å2
手法PISA
2
C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,47210
ポリマ－120,5252
非ポリマー3,9478
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area37130 Å2
手法PISA
3
E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,47210
ポリマ－120,5252
非ポリマー3,9478
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_858-x+3,y,-z+31
Buried area14030 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area36630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.033, 115.887, 220.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase


分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O8P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-OEJ / 2-({4-[(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl]benzene-1-carbonyl}amino)benzene-1,4-dicarboxylic acid


分子量: 447.400 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N5O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.5 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Well solution 18 % PEG 6000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.06 M lithium sulfate, 0.1 M Tris Drop ratio 2:1 enzyme mix/well solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→50 Å / Num. obs: 75886 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.987 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 9.04
反射 シェル解像度: 3.32→3.52 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 10354 / CC1/2: 0.816 / Rsym value: 0.714 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: 000)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q0E

4q0e


解像度: 3.324→48.426 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 3786 5 %
Rwork0.2197 --
obs0.2217 75746 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.324→48.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20115 0 675 0 20790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50529018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.83512341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3243-3.36640.3615600.31561159X-RAY DIFFRACTION41
3.3664-3.41060.3691280.39032424X-RAY DIFFRACTION89
3.4106-3.45740.52841330.41522535X-RAY DIFFRACTION90
3.4574-3.50670.42941410.3482689X-RAY DIFFRACTION99
3.5067-3.55910.30841460.28022763X-RAY DIFFRACTION99
3.5591-3.61470.34981430.30772714X-RAY DIFFRACTION99
3.6147-3.67390.51531400.44642646X-RAY DIFFRACTION95
3.6739-3.73720.441410.35792684X-RAY DIFFRACTION98
3.7372-3.80520.31491450.25842757X-RAY DIFFRACTION99
3.8052-3.87830.39161410.31892664X-RAY DIFFRACTION97
3.8783-3.95740.43791330.37482578X-RAY DIFFRACTION93
3.9574-4.04350.2421450.24212760X-RAY DIFFRACTION99
4.0435-4.13750.26941450.21342740X-RAY DIFFRACTION99
4.1375-4.24090.25591440.19842741X-RAY DIFFRACTION99
4.2409-4.35550.24391450.17942752X-RAY DIFFRACTION99
4.3555-4.48350.22241450.16642756X-RAY DIFFRACTION99
4.4835-4.62820.19061470.16272787X-RAY DIFFRACTION99
4.6282-4.79340.22041430.15842725X-RAY DIFFRACTION99
4.7934-4.98520.20581460.15772773X-RAY DIFFRACTION99
4.9852-5.21180.20231450.16832753X-RAY DIFFRACTION99
5.2118-5.48620.21231470.18372786X-RAY DIFFRACTION99
5.4862-5.82940.20671460.18542774X-RAY DIFFRACTION99
5.8294-6.27860.21571450.18172760X-RAY DIFFRACTION99
6.2786-6.90890.21931460.18312778X-RAY DIFFRACTION99
6.9089-7.90480.21811480.16572802X-RAY DIFFRACTION99
7.9048-9.94510.141470.14062807X-RAY DIFFRACTION99
9.9451-48.43080.20151510.18382853X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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