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- PDB-1pbo: COMPLEX OF BOVINE ODORANT BINDING PROTEIN (OBP) WITH A SELENIUM C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pbo
タイトルCOMPLEX OF BOVINE ODORANT BINDING PROTEIN (OBP) WITH A SELENIUM CONTAINING ODORANT
要素ODORANT BINDING PROTEIN
キーワードODORANT-BINDING / TRANSPORT / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-butyl-5-propyl-1,3-selenazol-2-amine / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Amzel, L.M. / Bianchet, M.A. / Monaco, H. / Bains, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The three-dimensional structure of bovine odorant binding protein and its mechanism of odor recognition.
著者: Bianchet, M.A. / Bains, G. / Pelosi, P. / Pevsner, J. / Snyder, S.H. / Monaco, H.L. / Amzel, L.M.
履歴
登録1996年7月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ODORANT BINDING PROTEIN
B: ODORANT BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4614
ポリマ－36,9712
非ポリマー4902
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.870, 65.180, 55.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ODORANT BINDING PROTEIN / OBP


分子量: 18485.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: NOSE / 組織: NASAL EPITHELIUM / 参照: UniProt: P07435
#2: 化合物 ChemComp-SES / 4-butyl-5-propyl-1,3-selenazol-2-amine


分子量: 245.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2Se
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 35-45 % / 一般名: ethanol

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11785 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.03

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 10649
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 26 29 2589
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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