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万見
- PDB-1i7z: ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7z
タイトルANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND
要素
  • CHIMERA OF IG GAMMA-1 CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
  • CHIMERA OF IG KAPPA CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG fold / antibody / chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COCAINE / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Larsen, N.A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a cocaine-binding antibody.
著者: Larsen, N.A. / Zhou, B. / Heine, A. / Wirsching, P. / Janda, K.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2001年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHIMERA OF IG KAPPA CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
B: CHIMERA OF IG GAMMA-1 CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
C: CHIMERA OF IG KAPPA CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
D: CHIMERA OF IG GAMMA-1 CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6536
ポリマ－95,0464
非ポリマー6072
水4,197233
1
A: CHIMERA OF IG KAPPA CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
B: CHIMERA OF IG GAMMA-1 CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8263
ポリマ－47,5232
非ポリマー3031
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
2
C: CHIMERA OF IG KAPPA CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
D: CHIMERA OF IG GAMMA-1 CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8263
ポリマ－47,5232
非ポリマー3031
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.020, 64.070, 129.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CHIMERA OF IG KAPPA CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION


分子量: 23951.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CHIMERA CONSISTS OF RESIDUES 1-108 OF MOUSE PORTION AND 109-214 OF HUMAN PORTION OF IG KAPPA CHAIN.
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01834
#2: 抗体 CHIMERA OF IG GAMMA-1 CHAIN: HUMAN CONSTANT REGION AND MOUSE VARIABLE REGION


分子量: 23571.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CHIMERA CONSISTS OF RESIDUES 1-113 OF MOUSE PORTION AND 114-228 OF HUMAN PORTION OF IG GAMMA-1 CHAIN.
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01857
#3: 化合物 ChemComp-COC / COCAINE / (1β,5β,8-anti)-3β-ベンゾイルオキシ-8-メチル-8-アザビシクロ[3.2.1]オクタン-2β-カルボ(以下略)


分子量: 303.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21NO4 / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125-30 %(w/v)PEG800011
20.2 M11Li2SO4
30.1 Macetate11pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.039 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 164865 / Num. obs: 43057 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 10.6 / Observed criterion σ(I): 113.1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 164865
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 85.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NSN

1nsn


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.265 2153 Random
Rwork0.22 --
all0.22 43536 -
obs0.22 43057 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6690 0 44 233 6967
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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