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- PDB-1cfv: MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cfv
タイトルMONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI
要素(MONOCLONAL ANTIBODY FV4155) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / FV FRAGMENT / STEROID HORMONE / FINE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / immunoglobulin complex / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / immunoglobulin complex / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRONE BETA-D-GLUCURONIDE / Ig kappa chain V-II region 26-10 / Ig heavy chain V region RF
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Trinh, C.H. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Antibody fragment Fv4155 bound to two closely related steroid hormones: the structural basis of fine specificity.
著者: Trinh, C.H. / Hemmington, S.D. / Verhoeyen, M.E. / Phillips, S.E.
履歴
登録1997年4月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: MONOCLONAL ANTIBODY FV4155
H: MONOCLONAL ANTIBODY FV4155
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2726
ポリマ－25,6302
非ポリマー6434
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.000, 90.000, 59.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-203-

HOH

21L-204-

HOH

31L-293-

HOH

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要素

#1: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY FV4155 / FV4155


分子量: 12437.998 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01631
#2: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY FV4155 / FV4155


分子量: 13191.760 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18524*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-E3G / ESTRONE BETA-D-GLUCURONIDE / エストロングルクロニド


分子量: 446.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-6 mg/mlprotein1drop
20.2 MZn acetate1drop
30.1 Msodium cacodylate1drop
418 %(w/v)PEG80001drop
50.2 MZn acetate1reservoir
60.1 Msodium cacodylate1reservoir
718 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: MSC/YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 14295 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 105121 / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NBV

1nbv


解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: CONTACTS INVOLVING ZINC ATOMS CAN BE AT DISTANCES LESS THAN THE SPECIFIED DISTANCE CUTOFF OF 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS. THE ...詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: CONTACTS INVOLVING ZINC ATOMS CAN BE AT DISTANCES LESS THAN THE SPECIFIED DISTANCE CUTOFF OF 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS. THE FOLLOWING ATOMS ARE SITUATED ACROSS A TWO-FOLD AXIS AND HAVE AN OCCUPANCY OF 0.5. IT IS THEREFORE POSSIBLE THAT THESE ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT WITH OTHER ATOMS AT DISTANCES LESS THAN THOSE NORMALLY OBSERVED. ATM1 RES C SSEQI ZN ZN L 201 O HOH L 300 O HOH L 303 O HOH L 389 RESIDUE VAL L 56 HAS DIHEDRAL ANGLES WHICH LIE OUTSIDE THEIR EXPECTED RANGE IN THE GAMMA QUADRANT OF THE RAMACHANDRAN PLOT. SOLVENT MOLECULES HOH L 300, HOH L 301 AND HOH L 394 ARE SITUATED ON SPECIAL POSITIONS AND HAVE OCCUPANCIES OF 0.50. RESIDUE VAL L 56 HAS DIHEDRAL ANGLES WHICH LIE OUTSIDE THEIR EXPECTED RANGE IN THE GAMMA QUADRANT OF THE RAMACHANDRAN PLOT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 658 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all-13154 --
obs-12496 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 0 34 198 2032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord00.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3462
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0972.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.9945
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.6926
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.10.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1940.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.27920
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.27520
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.01920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor020
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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