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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8k | ||||||
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タイトル | FLAVOPIRIDOL INHIBITS GLYCOGEN PHOSPHORYLASE BY BINDING AT THE INHIBITOR SITE | ||||||
![]() | PROTEIN (GLYCOGEN PHOSPHORYLASE) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLYCOGEN METABOLISM / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B / INHIBITION / INHIBITOR BINDING SITE / ANTITUMOUR AGENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Flavopiridol inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor site. 著者: Oikonomakos, N.G. / Schnier, J.B. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N. #1: ![]() タイトル: Allosteric Inhibition of Glycogen Phosphorylase a by the Potential Antidiabetic Drug 3-Isopropyl 4-(2-Chlorophenyl)-1,4-Dihydro-1-Ethyl-2-Methyl-Pyridine-3,5,6-Tricarboxylate 著者: Oikonomakos, N.G. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Goldmann, S. / Bischoff, H. #2: ![]() タイトル: The Structure of Glycogen Phosphorylase B with an Alkyldihydropyridine-Dicarboxylic Acid Compound, a Novel and Potent Inhibitor 著者: Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Tsitsanou, K.E. / Leonidas, D.D. / Chrysina, E.D. / Skamnaki, V.T. / Bischoff, H. / Goldmann, S. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | DIMER IS THE PHYSIOLOGICALLY ACTIVE MOLECULE |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 509.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CPB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: other | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2000年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→29.5 Å / Num. obs: 95442 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.5 |
反射 | *PLUS 冗長度: 4.2 % / Num. measured all: 489494 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.76→29.5 Å / 交差検証法: R FREE / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→29.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 29.5 Å / Num. reflection Rfree: 4780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.336 / Rfactor obs: 0.338 |