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- EMDB-12616: TFIIH in a post-translocated state (with ADP-BeF3) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12616
タイトルTFIIH in a post-translocated state (with ADP-BeF3)
マップデータLocal resolution filtered and sharpened map
試料
  • 複合体: TFIIH (with ADP-BeF3)
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードInitiation / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair follicle maturation / ventricular system development / hair cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex ...MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair follicle maturation / ventricular system development / hair cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / CAK-ERCC2 complex / UV protection / transcription factor TFIIK complex / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / DNA 5'-3' helicase / adult heart development / G protein-coupled receptor internalization / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / DNA 3'-5' helicase / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / hematopoietic stem cell proliferation / 3'-5' DNA helicase activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / spinal cord development / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / bone mineralization / erythrocyte maturation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / ATPase activator activity / DNA topological change / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / hematopoietic stem cell differentiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / embryonic organ development / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / response to UV / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA helicase activity / hormone-mediated signaling pathway / extracellular matrix organization / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / post-embryonic development / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / isomerase activity / chromosome segregation / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nucleotide-excision repair / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / NoRC negatively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / cellular response to gamma radiation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / spindle / Dual incision in TC-NER / response to calcium ion / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / protein localization
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain ...Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / PH-like domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIH subunit 1 / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human mastadenovirus C (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Aibara S / Schilbach S
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission894862 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
European Research Council (ERC)882357 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of mammalian RNA polymerase II pre-initiation complexes.
著者: Shintaro Aibara / Sandra Schilbach / Patrick Cramer /
要旨: The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) ...The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) assembles with general transcription factors into a pre-initiation complex (PIC) that opens promoter DNA. Previous work provided the molecular architecture of the yeast and human PIC and a topological model for DNA opening by the general transcription factor TFIIH. Here we report the high-resolution cryo-electron microscopy structure of PIC comprising human general factors and Sus scrofa domesticus Pol II, which is 99.9% identical to human Pol II. We determine the structures of PIC with closed and opened promoter DNA at 2.5-2.8 Å resolution, and resolve the structure of TFIIH at 2.9-4.0 Å resolution. We capture the TFIIH translocase XPB in the pre- and post-translocation states, and show that XPB induces and propagates a DNA twist to initiate the opening of DNA approximately 30 base pairs downstream of the TATA box. We also provide evidence that DNA opening occurs in two steps and leads to the detachment of TFIIH from the core PIC, which may stop DNA twisting and enable RNA chain initiation.
履歴
登録2021年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 13.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 13.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nvx
  • 表面レベル: 13.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12616.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered and sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 450 pix.
= 472.5 Å		1.05 Å/pix.
x 450 pix.
= 472.5 Å		1.05 Å/pix.
x 450 pix.
= 472.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 13.5 / ムービー #1: 13.5
最小 - 最大-75.189229999999995 - 116.291079999999994
平均 (標準偏差)-0.0021994866 (±0.9634325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 472.49997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z472.500472.500472.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-75.189116.291-0.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12616_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local resolution filtered map, unsharpened

ファイルemd_12616_additional_1.map
注釈local resolution filtered map, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unfiltered half map 1

ファイルemd_12616_half_map_1.map
注釈Unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half map 2

ファイルemd_12616_half_map_2.map
注釈Unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TFIIH (with ADP-BeF3)

全体名称: TFIIH (with ADP-BeF3)
要素
  • 複合体: TFIIH (with ADP-BeF3)
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
    • DNA: Non-template DNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIE subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Unassigned Peptide, likely XPB
    • タンパク質・ペプチド: Unassigned Peptide, likely TFIIE-Beta
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
超分子 #1: TFIIH (with ADP-BeF3)

超分子名称: TFIIH (with ADP-BeF3) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
分子量理論値: 490 KDa

+
分子 #1: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

分子名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.021078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV ...文字列:
MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV PLPAGIYNLD DLKALGRRQG WCPYFLARYS ILHANVVVYS YHYLLDPKIA DLVSKELARK AVVVFDEAHN ID NVCIDSM SVNLTRRTLD RCQGNLETLQ KTVLRIKETD EQRLRDEYRR LVEGLREASA ARETDAHLAN PVLPDEVLQE AVP GSIRTA EHFLGFLRRL LEYVKWRLRV QHVVQESPPA FLSGLAQRVC IQRKPLRFCA ERLRSLLHTL EITDLADFSP LTLL ANFAT LVSTYAKGFT IIIEPFDDRT PTIANPILHF SCMDASLAIK PVFERFQSVI ITSGTLSPLD IYPKILDFHP VTMAT FTMT LARVCLCPMI IGRGNDQVAI SSKFETREDI AVIRNYGNLL LEMSAVVPDG IVAFFTSYQY MESTVASWYE QGILEN IQR NKLLFIETQD GAETSVALEK YQEACENGRG AILLSVARGK VSEGIDFVHH YGRAVIMFGV PYVYTQSRIL KARLEYL RD QFQIRENDFL TFDAMRHAAQ CVGRAIRGKT DYGLMVFADK RFARGDKRGK LPRWIQEHLT DANLNLTVDE GVQVAKYF L RQMAQPFHRE DQLGLSLLSL EQLESEETLK RIEQIAQQL

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

+
分子 #2: General transcription factor IIH subunit 1

分子名称: General transcription factor IIH subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.116492 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MATSSEEVLL IVKKVRQKKQ DGALYLMAER IAWAPEGKDR FTISHMYADI KCQKISPEGK AKIQLQLVLH AGDTTNFHFS NESTAVKER DAVKDLLQQL LPKFKRKANK ELEEKNRMLQ EDPVLFQLYK DLVVSQVISA EEFWANRLNV NATDSSSTSN H KQDVGISA ...文字列:
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UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 1

+
分子 #3: General transcription factor IIH subunit 4

分子名称: General transcription factor IIH subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.245156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS ...文字列:
MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS AAVSQDLAQL LSQAGLMKST EPGEPPCITS AGFQFLLLDT PAQLWYFMLQ YLQTAQSRGM DLVEILSFLF QL SFSTLGK DYSVEGMSDS LLNFLQHLRE FGLVFQRKRK SRRYYPTRLA INLSSGVSGA GGTVHQPGFI VVETNYRLYA YTE SELQIA LIALFSEMLY RFPNMVVAQV TRESVQQAIA SGITAQQIIH FLRTRAHPVM LKQTPVLPPT ITDQIRLWEL ERDR LRFTE GVLYNQFLSQ VDFELLLAHA RELGVLVFEN SAKRLMVVTP AGHSDVKRFW KRQKHSS

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 4

+
分子 #4: CDK-activating kinase assembly factor MAT1

分子名称: CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.873965 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDDQGCPRCK TTKYRNPSLK LMVNVCGHTL CESCVDLLFV RGAGNCPECG TPLRKSNFRV QLFEDPTVDK EVEIRKKVLK IYNKREEDF PSLREYNDFL EEVEEIVFNL TNNVDLDNTK KKMEIYQKEN KDVIQKNKLK LTREQEELEE ALEVERQENE Q RRLFIQKE ...文字列:
MDDQGCPRCK TTKYRNPSLK LMVNVCGHTL CESCVDLLFV RGAGNCPECG TPLRKSNFRV QLFEDPTVDK EVEIRKKVLK IYNKREEDF PSLREYNDFL EEVEEIVFNL TNNVDLDNTK KKMEIYQKEN KDVIQKNKLK LTREQEELEE ALEVERQENE Q RRLFIQKE EQLQQILKRK NKQAFLDELE SSDLPVALLL AQHKDRSTQL EMQLEKPKPV KPVTFSTGIK MGQHISLAPI HK LEEALYE YQPLQIETYG PHVPELEMLG RLGYLNHVRA ASPQDLAGGY TSSLACHRAL QDAFSGLFWQ PS

UniProtKB: CDK-activating kinase assembly factor MAT1

+
分子 #5: General transcription factor IIH subunit 3

分子名称: General transcription factor IIH subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.416008 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE ...文字列:
MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE DSALQYMNFM NVIFAAQKQN ILIDACVLDS DSGLLQQACD ITGGLYLKVP QMPSLLQYLL WVFLPDQDQR SQ LILPPPV HVDYRAACFC HRNLIEIGYV CSVCLSIFCN FSPICTTCET AFKISLPPVL KAKKKKLKVS A

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 3

+
分子 #6: General transcription factor IIH subunit 5

分子名称: General transcription factor IIH subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.060362 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MVNVLKGVLI ECDPAMKQFL LYLDESNALG KKFIIQDIDD THVFVIAELV NVLQERVGEL MDQNAFSLTQ K

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 5

+
分子 #7: General transcription factor IIH subunit 2

分子名称: General transcription factor IIH subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.481996 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
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UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 2

+
分子 #8: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.404734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL ...文字列:
MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL VLKHNRYFVE SCHPDVIQHL LQDPVIRECR LRNSEGEATE LITETFTSKS AISKTAESSG GPSTSRVTDP QG KSDIPMD LFDFYEQMDK DEEEEEETQT VSFEVKQEMI EELQKRCIHL EYPLLAEYDF RNDSVNPDIN IDLKPTAVLR PYQ EKSLRK MFGNGRARSG VIVLPCGAGK SLVGVTAACT VRKRCLVLGN SAVSVEQWKA QFKMWSTIDD SQICRFTSDA KDKP IGCSV AISTYSMLGH TTKRSWEAER VMEWLKTQEW GLMILDEVHT IPAKMFRRVL TIVQAHCKLG LTATLVREDD KIVDL NFLI GPKLYEANWM ELQNNGYIAK VQCAEVWCPM SPEFYREYVA IKTKKRILLY TMNPNKFRAC QFLIKFHERR NDKIIV FAD NVFALKEYAI RLNKPYIYGP TSQGERMQIL QNFKHNPKIN TIFISKVGDT SFDLPEANVL IQISSHGGSR RQEAQRL GR VLRAKKGMVA EEYNAFFYSL VSQDTQEMAY STKRQRFLVD QGYSFKVITK LAGMEEEDLA FSTKEEQQQL LQKVLAAT D LDAEEEVVAG EFGSRSSQAS RRFGTMSSMS GADDTVYMEY HSSRSKAPSK HVHPLFKRFR K

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB

+
分子 #11: General transcription factor IIE subunit 1

分子名称: General transcription factor IIE subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.544102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADPDVLTEV PAALKRLAKY VIRGFYGIEH ALALDILIRN SCVKEEDMLE LLKFDRKQLR SVLNNLKGDK FIKCRMRVET AADGKTTRH NYYFINYRTL VNVVKYKLDH MRRRIETDER DSTNRASFKC PVCSSTFTDL EANQLFDPMT GTFRCTFCHT E VEEDESAM ...文字列:
MADPDVLTEV PAALKRLAKY VIRGFYGIEH ALALDILIRN SCVKEEDMLE LLKFDRKQLR SVLNNLKGDK FIKCRMRVET AADGKTTRH NYYFINYRTL VNVVKYKLDH MRRRIETDER DSTNRASFKC PVCSSTFTDL EANQLFDPMT GTFRCTFCHT E VEEDESAM PKKDARTLLA RFNEQIEPIY ALLRETEDVN LAYEILEPEP TEIPALKQSK DHAATTAGAA SLAGGHHREA WA TKGPSYE DLYTQNVVIN MDDQEDLHRA SLEGKSAKER PIWLRESTVQ GAYGSEDMKE GGIDMDAFQE REEGHAGPDD NEE VMRALL IHEKKTSSAM AGSVGAAAPV TAANGDDSES ETSESDDDSP PRPAAVAVHK REEDEEEDDE FEEVADDPIV MVAG RPFSY SEVSQRPELV AQMTPEEKEA YIAMGQRMFE DLFE

UniProtKB: General transcription factor IIE subunit 1

+
分子 #12: Unassigned Peptide, likely XPB

分子名称: Unassigned Peptide, likely XPB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 698.854 Da
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #13: Unassigned Peptide, likely TFIIE-Beta

分子名称: Unassigned Peptide, likely TFIIE-Beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.379692 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #9: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human mastadenovirus C (ウイルス)
分子量理論値: 32.911859 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT) ...文字列:
(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)

GENBANK: GENBANK: MK041240.1

+
分子 #10: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human mastadenovirus C (ウイルス)
分子量理論値: 32.508752 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG) ...文字列:
(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC) (DG)

GENBANK: GENBANK: MK041240.1

+
分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #16: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #18: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 399246
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る