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- PDB-4qy2: Structure of H10 from human-infecting H10N8 virus in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qy2 | ||||||
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Title | Structure of H10 from human-infecting H10N8 virus in complex with human receptor analog | ||||||
![]() | (hemagglutinin) x 2 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / receptor binding / memebrane fusion | ||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, M. / Zhang, W. / Qi, J. / Wang, F. / Zhou, J. / Bi, Y. / Wu, Y. / Sun, H. / Liu, J. / Huang, C. ...Wang, M. / Zhang, W. / Qi, J. / Wang, F. / Zhou, J. / Bi, Y. / Wu, Y. / Sun, H. / Liu, J. / Huang, C. / Li, X. / Yan, J. / Shu, Y. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for preferential avian receptor binding by the human-infecting H10N8 avian influenza virus Authors: Wang, M. / Zhang, W. / Qi, J. / Wang, F. / Zhou, J. / Bi, Y. / Wu, Y. / Sun, H. / Liu, J. / Huang, C. / Li, X. / Yan, J. / Shu, Y. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 967.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 920.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 963.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 115 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 160.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4qy0C ![]() 4qy1C ![]() 4bsgS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34830.293 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 19987.896 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | ChemComp-SIA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.68 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 15%(w/v) PEG 2000 MME, 0.1M potassium chloride, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2014 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.399→50 Å / Num. all: 161413 / Num. obs: 161413 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.03 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / % possible all: 97.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BSG Resolution: 2.399→39.904 Å / FOM work R set: 0.8062 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 181.63 Å2 / Biso mean: 41.61 Å2 / Biso min: 12.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.399→39.904 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -57.223 Å / Origin y: 27.5572 Å / Origin z: -12.9612 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |