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万見
- PDB-4qy2: Structure of H10 from human-infecting H10N8 virus in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qy2
タイトルStructure of H10 from human-infecting H10N8 virus in complex with human receptor analog
要素(hemagglutininヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / receptor binding (受容体) / memebrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Wang, M. / Zhang, W. / Qi, J. / Wang, F. / Zhou, J. / Bi, Y. / Wu, Y. / Sun, H. / Liu, J. / Huang, C. ...Wang, M. / Zhang, W. / Qi, J. / Wang, F. / Zhou, J. / Bi, Y. / Wu, Y. / Sun, H. / Liu, J. / Huang, C. / Li, X. / Yan, J. / Shu, Y. / Shi, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for preferential avian receptor binding by the human-infecting H10N8 avian influenza virus
著者: Wang, M. / Zhang, W. / Qi, J. / Wang, F. / Zhou, J. / Bi, Y. / Wu, Y. / Sun, H. / Liu, J. / Huang, C. / Li, X. / Yan, J. / Shu, Y. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2014年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
C: hemagglutinin
D: hemagglutinin
E: hemagglutinin
F: hemagglutinin
G: hemagglutinin
H: hemagglutinin
I: hemagglutinin
J: hemagglutinin
K: hemagglutinin
L: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,87325
ポリマ－328,90912
非ポリマー2,96413
水21,4381190
1
A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
C: hemagglutinin
D: hemagglutinin
E: hemagglutinin
F: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,09113
ポリマ－164,4556
非ポリマー1,6377
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35140 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area56530 Å2
手法PISA
2
G: hemagglutinin
H: hemagglutinin
I: hemagglutinin
J: hemagglutinin
K: hemagglutinin
L: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,78212
ポリマ－164,4556
非ポリマー1,3276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34780 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area56600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.996, 118.506, 124.510
Angle α, β, γ (deg.)98.69, 93.04, 96.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 34830.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Jiangxi-Donghu/346/2013(H10N8) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A059T4A1*PLUS
#2: タンパク質
hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 19987.896 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Jiangxi-Donghu/346/2013(H10N8) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A059T4A1*PLUS
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15%(w/v) PEG 2000 MME, 0.1M potassium chloride, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→50 Å / Num. all: 161413 / Num. obs: 161413 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.03 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BSG

4bsg


解像度: 2.399→39.904 Å / FOM work R set: 0.8062 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 7911 4.9 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
all0.1906 161351 --
obs0.1906 161351 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.63 Å2 / Biso mean: 41.61 Å2 / Biso min: 12.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→39.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23034 0 189 1190 24413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00623715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99732047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0733498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2068663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3988-2.4260.34082450.27514707495290
2.426-2.45460.33452540.27025041529598
2.4546-2.48450.3192760.26635127540398
2.4845-2.51590.31172610.26295104536598
2.5159-2.5490.30522680.25475056532498
2.549-2.58390.33982810.25165162544398
2.5839-2.62090.32212910.25075028531998
2.6209-2.660.31272500.24225141539198
2.66-2.70150.3142560.23535101535798
2.7015-2.74580.31572700.22925118538898
2.7458-2.79310.25852650.2215144540998
2.7931-2.84390.27722350.21835107534298
2.8439-2.89860.27382800.22075146542698
2.8986-2.95770.28752350.22865153538898
2.9577-3.0220.26162590.23115153541298
3.022-3.09230.29862750.22365115539098
3.0923-3.16960.26622230.22045163538699
3.1696-3.25530.27562970.2095119541699
3.2553-3.3510.24093190.19745083540299
3.351-3.45910.25252760.20665169544599
3.4591-3.58270.23092510.19385141539299
3.5827-3.7260.20432580.18485140539899
3.726-3.89550.22062780.17325119539799
3.8955-4.10060.22162750.16795165544099
4.1006-4.35730.19062270.15415170539799
4.3573-4.69320.16672700.14045157542799
4.6932-5.16460.18052530.14135156540999
5.1646-5.90990.18942530.15725168542199
5.9099-7.43790.1912610.17135173543499
7.4379-39.90980.16192690.16085114538398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -57.223 Å / Origin y: 27.5572 Å / Origin z: -12.9612 Å
111213212223313233
T0.1331 Å20.0108 Å20.0042 Å2-0.1572 Å20.0043 Å2--0.1484 Å2
L0.0723 °20.0418 °20.0133 °2-0.1226 °20.0242 °2--0.093 °2
S-0.0085 Å °0.0319 Å °-0.0036 Å °-0.0344 Å °0.0158 Å °-0.0242 Å °-0.0087 Å °-0.0009 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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