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- PDB-5v12: Crystal structure of Carbon Sulfoxide lyase, Egt2 Y134F with sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v12
タイトルCrystal structure of Carbon Sulfoxide lyase, Egt2 Y134F with sulfenic acid intermediate
要素(Hercynylcysteine sulfoxide lyase) x 2
キーワードLYASE / C-S lyase / PLP dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; - / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8QJ / FORMIC ACID / Hercynylcysteine sulfoxide lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa OR74A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Irani, S. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Snapshots of C-S Cleavage in Egt2 Reveals Substrate Specificity and Reaction Mechanism.
著者: Irani, S. / Naowarojna, N. / Tang, Y. / Kathuria, K.R. / Wang, S. / Dhembi, A. / Lee, N. / Yan, W. / Lyu, H. / Costello, C.E. / Liu, P. / Zhang, Y.J.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _struct.title
改定 2.02023年10月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conf
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.02024年5月1日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
G: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
F: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
H: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
C: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
D: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
A: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
B: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,35818
ポリマ－451,4978
非ポリマー86110
水7,422412
1
E: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
F: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1915
ポリマ－112,8532
非ポリマー3383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32190 Å2
手法PISA
2
G: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
H: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9454
ポリマ－112,8532
非ポリマー922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
3
C: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
D: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0324
ポリマ－112,9402
非ポリマー922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31990 Å2
手法PISA
4
A: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
B: Hercynylcysteine sulfoxide lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1915
ポリマ－112,8532
非ポリマー3383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area32190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.021, 195.158, 110.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Hercynylcysteine sulfoxide lyase / Ergothioneine biosynthesis protein 2 / PLP-binding cysteine desulfurase / PLP-dependent C-S lyase


分子量: 56426.262 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa OR74A (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: egt-2, NCU11365 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A7UX13, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; -
#2: タンパク質 Hercynylcysteine sulfoxide lyase / Ergothioneine biosynthesis protein 2 / PLP-binding cysteine desulfurase / PLP-dependent C-S lyase


分子量: 56513.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa OR74A (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: egt-2, NCU11365 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A7UX13, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; -
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-8QJ / (1S)-1-carboxy-2-[2-(hydroxysulfanyl)-1H-imidazol-4-yl]-N,N,N-trimethylethan-1-aminium


分子量: 246.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, 200mM sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 146021 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 8.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UTS

5uts


解像度: 2.451→49.577 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 1988 1.36 %
Rwork0.222 --
obs0.2227 146021 91.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→49.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27896 0 56 412 28364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00428577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60738716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.54817180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4509-2.51220.37531320.32499147X-RAY DIFFRACTION81
2.5122-2.58010.31881110.31169616X-RAY DIFFRACTION85
2.5801-2.6560.37251630.29529927X-RAY DIFFRACTION89
2.656-2.74170.3431600.295310370X-RAY DIFFRACTION92
2.7417-2.83970.33431240.274510546X-RAY DIFFRACTION94
2.8397-2.95340.37551390.269910689X-RAY DIFFRACTION95
2.9534-3.08780.30721470.266210574X-RAY DIFFRACTION94
3.0878-3.25050.27611550.246610674X-RAY DIFFRACTION94
3.2505-3.45410.30331370.23510560X-RAY DIFFRACTION94
3.4541-3.72080.29071440.214810531X-RAY DIFFRACTION93
3.7208-4.0950.24071490.187110446X-RAY DIFFRACTION93
4.095-4.68720.2131430.170810431X-RAY DIFFRACTION92
4.6872-5.90380.23281380.179510334X-RAY DIFFRACTION91
5.9038-49.5870.19591460.180610188X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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