[日本語] English
万見
- PDB-5uts: Carbon Sulfoxide lyase, Egt2 in the Ergothioneine biosynthesis pathway -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uts
タイトルCarbon Sulfoxide lyase, Egt2 in the Ergothioneine biosynthesis pathway
要素C-S Lyase Egt2
キーワードLYASE / PLP dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; - / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Hercynylcysteine sulfoxide lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Irani, S. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Snapshots of C-S Cleavage in Egt2 Reveals Substrate Specificity and Reaction Mechanism.
著者: Irani, S. / Naowarojna, N. / Tang, Y. / Kathuria, K.R. / Wang, S. / Dhembi, A. / Lee, N. / Yan, W. / Lyu, H. / Costello, C.E. / Liu, P. / Zhang, Y.J.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: C-S Lyase Egt2
C: C-S Lyase Egt2
H: C-S Lyase Egt2
D: C-S Lyase Egt2
E: C-S Lyase Egt2
F: C-S Lyase Egt2
B: C-S Lyase Egt2
A: C-S Lyase Egt2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,98715
ポリマ－455,6658
非ポリマー3227
水17,871992
1
G: C-S Lyase Egt2
H: C-S Lyase Egt2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0084
ポリマ－113,9162
非ポリマー922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32860 Å2
手法PISA
2
C: C-S Lyase Egt2
D: C-S Lyase Egt2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0084
ポリマ－113,9162
非ポリマー922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
3
E: C-S Lyase Egt2
F: C-S Lyase Egt2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9623
ポリマ－113,9162
非ポリマー461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
4
B: C-S Lyase Egt2
A: C-S Lyase Egt2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0084
ポリマ－113,9162
非ポリマー922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area33220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.840, 195.341, 107.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
C-S Lyase Egt2 / Ergothioneine biosynthesis protein 2 / PLP-binding cysteine desulfurase / PLP-dependent C-S lyase / ...Ergothioneine biosynthesis protein 2 / PLP-binding cysteine desulfurase / PLP-dependent C-S lyase / Hercynylcysteine sulfoxide lyase


分子量: 56958.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: egt-2, NCU11365 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: A7UX13, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; -
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 992 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG 3350, 0.2M Na formate, 50mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.36 Å / Num. obs: 170838 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 11.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.303→49.348 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1850 1.19 %
Rwork0.2101 --
obs0.2105 154894 81.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→49.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27984 0 21 992 28997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00428635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60138807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.01817226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3029-2.36520.3361870.29116951X-RAY DIFFRACTION48
2.3652-2.43480.3265890.2738217X-RAY DIFFRACTION57
2.4348-2.51340.28061170.26989029X-RAY DIFFRACTION63
2.5134-2.60320.31871190.269610071X-RAY DIFFRACTION70
2.6032-2.70740.31931460.271110916X-RAY DIFFRACTION77
2.7074-2.83060.30571470.261511981X-RAY DIFFRACTION83
2.8306-2.97980.30541510.249212659X-RAY DIFFRACTION88
2.9798-3.16650.25821450.233713079X-RAY DIFFRACTION91
3.1665-3.4110.25641660.216313449X-RAY DIFFRACTION94
3.411-3.75410.22891590.199813927X-RAY DIFFRACTION97
3.7541-4.29710.18551740.170914119X-RAY DIFFRACTION98
4.2971-5.41280.20341710.167714267X-RAY DIFFRACTION99
5.4128-49.3590.19421790.178414379X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る