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Yorodumi- PDB-3azb: Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Pla... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3azb | ||||||
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Title | Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Plasmodium falciparum in complex with NAS91-11 | ||||||
Components | Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE/INHIBITOR / hot dog fold / FabZ / beta-hydroxyacyl acyl carrier protein dehydratase / Lyase / acyl carrier protein / LYASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2011 Title: Structural basis for the functional and inhibitory mechanisms of beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Plasmodium falciparum Authors: Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3azb.cif.gz | 655.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3azb.ent.gz | 541.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3azb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3azb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3azb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3az8C 3az9C 3azaC 1z6bS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 90 - 225 / Label seq-ID: 14 - 149
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 17038.904 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: fabz / Plasmid: PET-28a(+)(NOVAGEN) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q965D7, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-KM1 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 20-25% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1-0.3M KH2PO4, 15-20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.97 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 3, 2009 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.6→42.45 Å / Num. obs: 111703 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.15 Å2 / Rsym value: 0.191 / Net I/σ(I): 4.8 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.74 Å / Redundancy: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 16251 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1Z6B Resolution: 2.6→41.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 12.998 / SU ML: 0.255 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.078 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: BULK SOLVENT MODEL USED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.603 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→41.85 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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