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- PDB-1z6b: Crystal structure of Plasmodium falciparum FabZ at 2.1 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z6b
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum FabZ at 2.1 A
要素fatty acid synthesis protein
キーワードLYASE / Plasmodium falciparum / malaria / beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase / fatty acid biosynthesis / SAD phasing
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Kostrewa, D. / Winkler, F.K. / Folkers, G. / Scapozza, L. / Perozzo, R.
引用ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of PfFabZ, the unique beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase involved in fatty acid biosynthesis of Plasmodium falciparum
著者: Kostrewa, D. / Winkler, F.K. / Folkers, G. / Scapozza, L. / Perozzo, R.
履歴
登録2005年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fatty acid synthesis protein
B: fatty acid synthesis protein
C: fatty acid synthesis protein
D: fatty acid synthesis protein
E: fatty acid synthesis protein
F: fatty acid synthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,94125
ポリマ－102,2336
非ポリマー1,70719
水4,612256
1
A: fatty acid synthesis protein
B: fatty acid synthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7119
ポリマ－34,0782
非ポリマー6337
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
2
C: fatty acid synthesis protein
D: fatty acid synthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6158
ポリマ－34,0782
非ポリマー5376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
3
E: fatty acid synthesis protein
F: fatty acid synthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6158
ポリマ－34,0782
非ポリマー5376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18310 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area29420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.604, 127.490, 173.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-542-

HOH

詳細The biologically active unit is a dimer consisting either of chains A and B or chains C and D or chains E and F from the hexamer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
fatty acid synthesis protein / PfFabZ


分子量: 17038.904 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 81-230 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: pffabZ / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q965D7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, cacodylate, ammonium sulfate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11.0715
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59121.5418
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59131.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2003年6月25日Sagitally focused Si(111)
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2002年4月22日Osmics Mirrors
MARRESEARCH3IMAGE PLATE2002年8月20日Osmics Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Sagitally focused Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Osmics mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Osmics mirrorsSADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07151
21.54181
反射解像度: 2.09→40 Å / Num. all: 59472 / Num. obs: 59472 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4802 / Rsym value: 0.83 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 10.935 / SU ML: 0.145
Isotropic thermal model: TLS for the three dimers and individual isotropic temperature factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2984 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.177 56487 --
obs0.177 56487 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.666 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---1.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.18 Å
Luzzati sigma a0.15 Å-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6401 0 71 256 6728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.9758888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.786314650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7855802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40225.574244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.361151198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3961512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.26399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.43925310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.62821675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01736624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8324.52885
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.13562264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 265 -
Rwork0.262 4098 -
obs-4098 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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