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- PDB-6qzj: Crystal structure of human Aquaporin 7 at 2.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qzj
タイトルCrystal structure of human Aquaporin 7 at 2.2 A resolution
要素Aquaporin-7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Aquaglyceroporin / glycerol channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction / basolateral plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Aquaporin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者de Mare, S.W.-H. / Venskutonyte, R. / Eltschkner, S. / Lindkvist-Petersson, K.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Glycerol Efflux and Selectivity of Human Aquaporin 7.
著者: de Mare, S.W. / Venskutonyte, R. / Eltschkner, S. / de Groot, B.L. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,96914
ポリマ－26,7661
非ポリマー1,20313
水21612
1
A: Aquaporin-7
ヘテロ分子

A: Aquaporin-7
ヘテロ分子

A: Aquaporin-7
ヘテロ分子

A: Aquaporin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,87756
ポリマ－107,0654
非ポリマー4,81252
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area27140 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.761, 86.761, 83.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin-7 / AQP-7 / Aquaglyceroporin-7 / Aquaporin adipose / AQPap / Aquaporin-7-like


分子量: 26766.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP7, AQP7L, AQP9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: O14520
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 85 mM Tris pH 8.0, 37 % v/v PEG 200 and 0.80 % v/v OG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→61.35 Å / Num. obs: 15584 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Num. unique obs: 1364 / CC1/2: 0.788 / Rpim(I) all: 0.418 / Rrim(I) all: 0.797 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6f7h

6f7h


解像度: 2.2→41.772 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 812 5.23 %
Rwork0.2087 --
obs0.2105 15532 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.71 Å2 / Biso mean: 86.4197 Å2 / Biso min: 55.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→41.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1868 0 76 12 1956
Biso mean--102.46 76.41 -
残基数----245
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.33780.42431260.36662454258099
2.3378-2.51830.32391620.29232422258498
2.5183-2.77170.3011020.25152490259299
2.7717-3.17260.26731570.24142440259799
3.1726-3.99670.26961240.20612478260298
3.9967-41.77950.20661410.18072436257796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.99-0.2230.92173.43461.22740.6675-0.10850.23030.0739-0.36320.01920.5460.2597-0.15340.17350.8658-0.0212-0.0850.9056-0.00260.37227.198240.67519.7833
21.18440.0987-0.25657.19130.05350.0515-0.15690.0737-0.38870.54510.2240.0487-0.01760.17320.14350.9264-0.10950.02160.97020.06820.473724.400227.098532.563
31.871-0.0877-0.14635.17041.49430.4332-0.09180.70240.0736-0.63760.09230.6874-0.4719-0.43750.04210.5795-0.0887-0.1751.0397-0.07180.495317.360137.654217.8526
42.87551.9057-1.36443.3238-1.47713.5824-0.37031.55880.0154-2.12930.27760.5570.3823-0.1728-0.41741.83410.1271-0.52922.0224-0.35320.715719.871437.284-1.9343
53.67430.3380.6323.35591.18120.80390.30080.8069-0.0103-0.9617-0.04340.4520.4671-0.62850.23621.40160.0123-0.25671.2868-0.20910.66226.5928.06655.8427
66.13920.25742.14852.9248-0.35492.82760.1957-0.0794-0.7714-0.2079-0.02990.25820.76960.195-0.28471.0533-0.0552-0.09450.741-0.02320.442833.283722.0620.9769
75.2676-1.15362.57262.32660.57551.8743-0.1512-0.8594-0.69180.4170.93550.20150.1788-0.28190.05991.05570.02440.08531.10380.08960.43640.128232.161138.6499
84.78951.10831.35362.4081.45062.1307-0.23260.4032-0.3374-0.1193-0.03860.4355-0.0159-0.25880.10951.0454-0.0914-0.05371.0168-0.07570.480226.951532.198816.1135
94.1074-1.3014-0.89444.84430.23333.3748-0.2721.1347-0.4353-0.6784-0.09710.561-0.1640.64670.25150.8124-0.1153-0.01190.6048-0.00270.469826.174420.507719.3057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 85 )A34 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 108 )A86 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 142 )A109 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 143 through 154 )A143 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 155 through 167 )A155 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 190 )A168 - 190
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 191 through 201 )A191 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 202 through 243 )A202 - 243
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 244 through 278 )A244 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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