[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6qf5: X-Ray structure of human Aquaporin 2 crystallized on a silicon chip -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qf5 | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | X-Ray structure of human Aquaporin 2 crystallized on a silicon chip | |||||||||||||||||||||
![]() | Aquaporin-2 | |||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / human Aquaporin 2 / serial crystallography / XFEL / on-chip crystallization | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity ...cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity / metanephric collecting duct development / renal water homeostasis / transport vesicle membrane / cellular response to copper ion / actin filament organization / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. ...Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]() ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: On-chip crystallization for serial crystallography experiments and on-chip ligand-binding studies. Authors: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. ...Authors: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 345.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 287.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 425.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 444.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6qf1C ![]() 6qf2C ![]() 6qf3C ![]() 6qf4C ![]() 4nefS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25236.336 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.67 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M sodium chloride, 0.1M magnesium chloride, 22-25% PEG 400, cadmium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: CS-PAD XPP / Detector: PIXEL / Date: Nov 13, 2016 / Frequency: 120 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.367 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.7→37.38 Å / Num. obs: 14866 / % possible obs: 99.97 % / Redundancy: 28.1 % / Biso Wilson estimate: 104.8 Å2 / CC1/2: 0.783 / R split: 0.437 / Net I/σ(I): 2.32 |
Reflection shell | Resolution: 3.7→3.76 Å / Redundancy: 17.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 1462 / CC1/2: 0.105 / R split: 1.538 / % possible all: 99.93 |
Serial crystallography measurement | Collection time total: 0.5 hours / Focal spot size: 1 µm2 / Pulse duration: 60 fsec. / Pulse photon energy: 9.07 keV |
Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | Description: on-chip crystallization / Motion control: Roadrunner II Sample dehydration prevention: humidified helium stream in closed chamber Sample holding: single crystalline silicon chip / Sample solvent: none, naked crystals / Support base: aluminum support |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 3377 / Frames total: 137476 / Lattices indexed: 2723 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NEF Resolution: 3.7→33.892 Å / SU ML: 0.69 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.12
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 232.76 Å2 / Biso mean: 105.453 Å2 / Biso min: 28.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.7→33.892 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|