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- PDB-6n1g: Crystal structure of Aquaglyceroporin AQP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1g
タイトルCrystal structure of Aquaglyceroporin AQP7
要素Aquaporin-7
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Aquaglyceroporin / water / glycerol
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction / basolateral plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.995 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Lodowski, D. / Kowatz, T.
引用ジャーナル: Front Physiol / 年: 2020
タイトル: Aquaporin-7: A Dynamic Aquaglyceroporin With Greater Water and Glycerol Permeability Than Its Bacterial Homolog GlpF.
著者: Moss, F.J. / Mahinthichaichan, P. / Lodowski, D.T. / Kowatz, T. / Tajkhorshid, E. / Engel, A. / Boron, W.F. / Vahedi-Faridi, A.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_assembly ...diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-7
C: Aquaporin-7
B: Aquaporin-7
D: Aquaporin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,50316
ポリマ－164,3984
非ポリマー1,10512
水00
1
A: Aquaporin-7
C: Aquaporin-7
ヘテロ分子

A: Aquaporin-7
C: Aquaporin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,31914
ポリマ－164,3984
非ポリマー92110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area14240 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area34970 Å2
手法PISA
2
B: Aquaporin-7
D: Aquaporin-7
ヘテロ分子

B: Aquaporin-7
D: Aquaporin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,68718
ポリマ－164,3984
非ポリマー1,28914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area14290 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area34950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)385.658, 385.658, 385.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin-7 / AQP-7 / Aquaglyceroporin-7 / Aquaporin adipose / AQPap / Aquaporin-7-like


分子量: 41099.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP7, AQP7L, AQP9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14520
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% w/v polyethylene glycol 400, 100 mM MOPS pH 7.0, 100 mM NaCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.995→32.711 Å / Num. obs: 18776 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 38.77
反射 シェル解像度: 3.995→4.137 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3235: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D9S

3d9s


解像度: 3.995→32.711 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 100 / 位相誤差: 42.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 560 2.98 %
Rwork0.2315 --
obs0.2327 18776 87.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.995→32.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7628 0 72 0 7700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02910772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.4874412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9948-4.39590.26871430.21844629X-RAY DIFFRACTION91
4.3959-5.03010.29211430.26834702X-RAY DIFFRACTION93
5.0301-6.32980.34011420.32834582X-RAY DIFFRACTION89
6.3298-32.71220.23361320.17084303X-RAY DIFFRACTION80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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