PDB-3gd8: Crystal Structure of Human Aquaporin 4 at 1.8 and its Mechanism o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gd8

タイトル

Crystal Structure of Human Aquaporin 4 at 1.8 and its Mechanism of Conductance

要素

Aquaporin-4

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / brain edema / aquaporin / proton exclusion / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

Passive transport by Aquaporins / cerebrospinal fluid circulation / astrocyte end-foot / intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / multicellular organismal-level water homeostasis / renal water homeostasis / sarcolemma / cellular response to type II interferon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ho, J.D. / Yeh, R. / Sandstrom, A. / Chorny, I. / Harries, W.E.C. / Robbins, R.A. / Miercke, L.J.W. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human aquaporin 4 at 1.8 A and its mechanism of conductance.
著者: Ho, J.D. / Yeh, R. / Sandstrom, A. / Chorny, I. / Harries, W.E. / Robbins, R.A. / Miercke, L.J. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2009年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gd8.cif.gz	58.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gd8.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gd8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3iyz-1 1rc2-3 3ne2-1 6qf5-d 2abm-2 2abm-1 5i32-1 1fqy-1 1rc2-1 2f2b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 1070S

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aquaporin-4

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aquaporin-4

ヘテロ分子

A: Aquaporin-4

ヘテロ分子

A: Aquaporin-4

ヘテロ分子

A: Aquaporin-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.058, 82.058, 76.353
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-18- HOH

詳細

Tetramer is generated by the 4 fold axis.

#1: タンパク質

Aquaporin-4 / AQP-4 / WCH4 / Mercurial-insensitive water channel / MIWC

分子量: 23526.744 Da / 分子数: 1 / 断片: hAQP4 trypsinized (residue 32-254) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP4 / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P55087

#2: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG-2K-MME, 50mM Citrate, pH 6.0, 40mM OG, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.6 Å / Num. all: 23583 / Num. obs: 23583 / 冗長度: 12 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→36.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.241 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16453	1265	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15966	-	-	-
obs	0.1599	23583	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1654	0	50	62	1766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.047	1.967	2390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.179	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.498	23.077	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.978	15	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.784	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.09	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.392	1.5	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.121	1.5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.709	2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.314	3	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.054	4.5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	86	-
R_work	0.179	1706	-
obs	-	-	98.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	58.6122	0	0	51.21	0	97.5897	0.5839	1.1593	2.92	0.5241	0.9804	1.2543	-2.0218	-1.2571	-1.5643	0.1678	0.0548	0.0056	0.0709	0.1317	0.1616	-0.588	-10.735	4.143
2	1.5268	0.1417	-0.6626	4.8769	-1.0133	4.9459	-0.0448	0.1796	0.2734	-0.1532	0.1599	-0.0523	-0.2907	-0.2835	-0.1152	0.0303	0.0023	-0.0094	-0.0316	0.0374	-0.0206	-1.136	-16.379	14.817
3	3.6824	-0.8426	-1.8584	2.6757	0.8197	7.0618	-0.0473	-0.2199	0.0926	0.0896	-0.0212	0.032	-0.0205	-0.0528	0.0686	-0.0722	-0.0086	0.0015	-0.0874	-0.0221	-0.0657	-1.827	-24.41	30.1
4	51.0506	2.7984	-8.4317	73.3913	5.232	82.7938	1.2514	-5.9029	2.3218	5.0672	0.077	-2.056	-2.1399	2.6216	-1.3285	0.7576	0.046	0.1165	0.7699	-0.2119	0.3729	-0.767	-25.708	46.283
5	28.2222	-4.726	16.263	21.2315	7.6105	82.8711	-1.0308	-3.5912	0.3302	1.9875	0.3743	0.2244	-1.7779	-2.8241	0.6566	0.1614	0.1357	0.0264	0.3762	-0.032	-0.0164	2.217	-34.278	36.193
6	1.5625	-0.7806	1.0517	2.9065	-2.1987	5.8975	-0.0324	0.1305	0.1054	-0.1651	-0.0102	-0.0079	-0.1539	0.0199	0.0426	-0.0674	-0.0058	0.0082	-0.0865	0.0107	-0.0857	0.002	-27.738	16.59
7	7.0583	-0.5595	2.4442	1.6588	-1.2497	6.4385	0.0709	0.1779	-0.0162	-0.3188	0.0922	0.0412	-0.008	-0.109	-0.1632	0.0166	-0.0193	0.0247	-0.0396	0.0446	-0.0515	9.141	-20.205	13.558
8	8.666	-6.9296	2.539	12.7926	-0.1866	10.8012	0.386	0.7722	0.3942	-0.4293	-0.5419	-0.0662	-0.1966	0.2536	0.1559	0.0716	-0.044	0.0856	0.136	0.0989	0.0069	14.769	-16.29	5.709
9	4.1071	-0.7054	-5.1669	1.1662	0.4683	9.8576	0.1499	0.2452	0.378	-0.1973	-0.0157	-0.0392	-0.5947	-0.2003	-0.1341	0.0582	-0.0026	0.0116	-0.0725	0.0405	0.0095	3.238	-12.49	18.486
10	4.5623	0.6574	-0.4769	0.9071	0.0387	1.5217	-0.0078	-0.3027	0.3431	0.1276	-0.0251	0.0765	-0.2569	-0.119	0.0329	-0.0168	0.0126	0.0273	-0.036	-0.0358	-0.0087	-2.299	-18.168	35.394
11	20.4206	10.9028	-6.3191	15.9608	0	0	-0.362	-0.6643	0.4752	0.5784	0.4641	-0.4215	-0.241	-0.3279	-0.1021	-0.0267	-0.0307	-0.0171	-0.049	-0.0596	-0.0191	17.307	-25.473	37.56
12	2.1035	0.6954	2.671	2.0435	1.9503	8.7454	-0.0282	0.072	0.1198	0.0244	-0.0063	-0.2452	-0.1461	0.4528	0.0345	-0.0829	-0.0421	0.0083	-0.0399	0.0071	-0.0545	19.448	-27.122	23.708
13	8.275	-1.1222	3.7075	4.4903	1.8162	7.4915	0.05	0.4925	0.238	-0.5423	-0.0217	0.0433	-0.1472	0.2443	-0.0283	-0.0148	-0.0377	0.0324	-0.0233	0.0354	-0.0831	13.801	-30.82	9.379
14	17.2494	7.0784	-0.4871	11.0547	2.8137	9.8179	-0.9275	1.8249	-0.3756	-1.3392	0.7064	-0.2802	-0.1462	-0.1516	0.2212	0.1955	-0.1176	0.0201	0.3089	-0.008	-0.0407	11.952	-35.389	0.729
15	2.0423	1.1645	0.7193	1.578	2.4773	7.7878	-0.0022	0.1852	-0.0179	-0.1522	-0.1107	0.0269	0.2489	-0.1075	0.1129	-0.0611	-0.0007	0.008	-0.0688	-0.0028	-0.0813	5.259	-34.834	13.196
16	4.3491	1.0469	2.5241	2.5704	1.5938	3.9295	-0.004	-0.1322	0.0714	0.1749	-0.0261	0.0646	0.0538	0.0328	0.0302	-0.0972	-0.02	0.0048	-0.0974	0.0034	-0.0979	12.04	-31.534	28.741
17	2.6332	-0.3347	-0.8259	1.3571	0.6941	2.2283	0.0139	-0.1548	0.2453	0.0944	-0.0001	-0.0453	-0.2043	0.163	-0.0139	-0.0002	-0.0334	0.0055	-0.0718	-0.0049	-0.023	10.614	-16.287	28.563
18	1.1957	-0.7363	-1.2545	2.9283	3.462	6.3176	0.0106	0.1223	0.1422	-0.3424	0.0628	-0.1981	-0.2987	0.3243	-0.0734	-0.019	-0.0511	0.0376	-0.0021	0.0258	-0.0407	19.248	-22.67	16.692
19	29.1347	4.5791	3.5176	15.9691	-6.3769	26.3279	-0.6827	1.4805	0.4427	-0.7471	0.5361	-0.0241	-0.9542	0.6121	0.1467	0.1332	-0.06	0.1306	0.2353	-0.0183	0.0723	23.067	-29.633	3.749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	60 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	66 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	72 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	93 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	103 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	116 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	133 - 148
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	149 - 154
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	155 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	172 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	178 - 185
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	186 - 197
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	198 - 210
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	211 - 232
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	233 - 248
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	249 - 254

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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