PDB-3az9: Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Pla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3az9

タイトル

Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Plasmodium falciparum in complex with NAS91

要素

Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

キーワード

LYASE/INHIBITOR / hot dog fold / FabZ / beta-hydroxyacyl acyl carrier protein dehydratase / Lyase / acyl carrier protein / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the functional and inhibitory mechanisms of beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Plasmodium falciparum
著者: Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.

履歴

登録	2011年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3az9.cif.gz	658.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3az9.ent.gz	542.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3az9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3az9_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3az9_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	3az9_validation.xml.gz	134 KB	表示
CIF形式データ	3az9_validation.cif.gz	172.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3az9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3az9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3az8C 3azaC 3azbC 1z6bS 1zhg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aza-1 3az8-1 3aza-3 3aza-4 3azb-4 3aza-2 3az8-3 3azb-2 3az8-4 3azb-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

413 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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3

M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 6 ポリマー
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4

S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	216.680, 216.680, 156.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 89 - 227 / Label seq-ID: 13 - 151

#1: タンパク質	... Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase / beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase / Fatty acid synthesis protein 分子量: 17038.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: fabz / プラスミド: PET-28a(+)(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q965D7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-K91 / 4-chloro-2-[(5-chloroquinolin-8-yl)oxy]phenol 分子量: 306.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₉Cl₂NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20-25% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1-0.3M KH2PO4, 15-20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.512
1	1	-H, K, -L	2	0.488

反射

解像度: 2.75→54.15 Å / Num. obs: 93862 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 58.68 Å² / R_sym value: 0.162 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13657 / R_sym value: 0.576 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z6B

1z6b

解像度: 2.75→51.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.834 / SU B: 20.63 / SU ML: 0.383 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28188	4784	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23364	-	-	-
obs	0.23611	88993	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.458 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→51.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26735	0	249	430	27414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	27513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.988	37226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.168	5	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.626	25.852	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.303	15	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.856	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	4323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	20005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.479	1.5	17240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.846	2	27960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.918	3	10273
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.519	4.5	9266

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	536	tight positional	0.08	0.05
2	B	536	tight positional	0.09	0.05
3	C	536	tight positional	0.09	0.05
4	D	536	tight positional	0.11	0.05
5	E	536	tight positional	0.08	0.05
6	F	536	tight positional	0.08	0.05
7	G	536	tight positional	0.08	0.05
8	H	536	tight positional	0.08	0.05
9	I	536	tight positional	0.09	0.05
10	J	536	tight positional	0.08	0.05
11	K	536	tight positional	0.08	0.05
12	L	536	tight positional	0.09	0.05
13	M	536	tight positional	0.07	0.05
14	N	536	tight positional	0.08	0.05
15	O	536	tight positional	0.08	0.05
16	P	536	tight positional	0.08	0.05
17	Q	536	tight positional	0.09	0.05
18	R	536	tight positional	0.08	0.05
19	S	536	tight positional	0.09	0.05
20	T	536	tight positional	0.09	0.05
21	U	536	tight positional	0.09	0.05
22	V	536	tight positional	0.08	0.05
23	W	536	tight positional	0.09	0.05
24	X	536	tight positional	0.09	0.05
1	A	491	loose positional	0.18	5
2	B	491	loose positional	0.11	5
3	C	491	loose positional	0.12	5
4	D	491	loose positional	0.16	5
5	E	491	loose positional	0.1	5
6	F	491	loose positional	0.12	5
7	G	491	loose positional	0.16	5
8	H	491	loose positional	0.13	5
9	I	491	loose positional	0.16	5
10	J	491	loose positional	0.11	5
11	K	491	loose positional	0.16	5
12	L	491	loose positional	0.12	5
13	M	491	loose positional	0.13	5
14	N	491	loose positional	0.13	5
15	O	491	loose positional	0.13	5
16	P	491	loose positional	0.13	5
17	Q	491	loose positional	0.14	5
18	R	491	loose positional	0.13	5
19	S	491	loose positional	0.11	5
20	T	491	loose positional	0.13	5
21	U	491	loose positional	0.17	5
22	V	491	loose positional	0.13	5
23	W	491	loose positional	0.19	5
24	X	491	loose positional	0.14	5
1	A	536	tight thermal	0.18	0.5
2	B	536	tight thermal	0.21	0.5
3	C	536	tight thermal	0.37	0.5
4	D	536	tight thermal	0.27	0.5
5	E	536	tight thermal	0.24	0.5
6	F	536	tight thermal	0.25	0.5
7	G	536	tight thermal	0.19	0.5
8	H	536	tight thermal	0.19	0.5
9	I	536	tight thermal	0.28	0.5
10	J	536	tight thermal	0.17	0.5
11	K	536	tight thermal	0.2	0.5
12	L	536	tight thermal	0.2	0.5
13	M	536	tight thermal	0.16	0.5
14	N	536	tight thermal	0.19	0.5
15	O	536	tight thermal	0.24	0.5
16	P	536	tight thermal	0.3	0.5
17	Q	536	tight thermal	0.19	0.5
18	R	536	tight thermal	0.37	0.5
19	S	536	tight thermal	0.26	0.5
20	T	536	tight thermal	0.25	0.5
21	U	536	tight thermal	0.24	0.5
22	V	536	tight thermal	0.27	0.5
23	W	536	tight thermal	0.25	0.5
24	X	536	tight thermal	0.28	0.5
1	A	491	loose thermal	0.22	10
2	B	491	loose thermal	0.21	10
3	C	491	loose thermal	0.46	10
4	D	491	loose thermal	0.59	10
5	E	491	loose thermal	0.26	10
6	F	491	loose thermal	0.26	10
7	G	491	loose thermal	0.22	10
8	H	491	loose thermal	0.24	10
9	I	491	loose thermal	0.35	10
10	J	491	loose thermal	0.22	10
11	K	491	loose thermal	0.27	10
12	L	491	loose thermal	0.22	10
13	M	491	loose thermal	0.31	10
14	N	491	loose thermal	0.24	10
15	O	491	loose thermal	0.41	10
16	P	491	loose thermal	0.34	10
17	Q	491	loose thermal	0.28	10
18	R	491	loose thermal	0.44	10
19	S	491	loose thermal	0.26	10
20	T	491	loose thermal	0.31	10
21	U	491	loose thermal	0.33	10
22	V	491	loose thermal	0.32	10
23	W	491	loose thermal	0.32	10
24	X	491	loose thermal	0.32	10

LS精密化シェル

解像度: 2.749→2.82 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	360	-
R_work	0.246	6424	-
obs	-	-	97.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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