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万見
- EMDB-10393: Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10393
タイトルStructure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
マップデータStructure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
試料
  • 複合体: Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
    • 複合体: Histones and Sox11
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor SOX-11
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)
キーワードNucleosome / DNA / histones / Sox11 / transcription factor / pioneer factor / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


closure of optic fissure / positive regulation of lens epithelial cell proliferation / soft palate development / cornea development in camera-type eye / positive regulation of hippo signaling / noradrenergic neuron differentiation / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / hard palate development / lens morphogenesis in camera-type eye ...closure of optic fissure / positive regulation of lens epithelial cell proliferation / soft palate development / cornea development in camera-type eye / positive regulation of hippo signaling / noradrenergic neuron differentiation / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / hard palate development / lens morphogenesis in camera-type eye / embryonic skeletal system morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / embryonic digestive tract morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / oligodendrocyte development / sympathetic nervous system development / positive regulation of hormone secretion / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of ossification / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of glial cell proliferation / ventricular septum morphogenesis / spinal cord development / lung morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / eyelid development in camera-type eye / outflow tract morphogenesis / skeletal muscle cell differentiation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / glial cell proliferation / protein localization to CENP-A containing chromatin / positive regulation of osteoblast differentiation / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / heterochromatin organization / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / positive regulation of neuron differentiation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / kidney development / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / neuron differentiation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / brain development / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / UCH proteinases / nucleosome / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / antibacterial humoral response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX-12/11/4 / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site ...Transcription factor SOX-12/11/4 / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B type 1-K / Histone H2A type 1-B/E / Transcription factor SOX-11 / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Dodonova SO / Zhu F
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)693023 ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-949-2016 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function.
著者: Svetlana O Dodonova / Fangjie Zhu / Christian Dienemann / Jussi Taipale / Patrick Cramer /
要旨: 'Pioneer' transcription factors are required for stem-cell pluripotency, cell differentiation and cell reprogramming. Pioneer factors can bind nucleosomal DNA to enable gene expression from regions ...'Pioneer' transcription factors are required for stem-cell pluripotency, cell differentiation and cell reprogramming. Pioneer factors can bind nucleosomal DNA to enable gene expression from regions of the genome with closed chromatin. SOX2 is a prominent pioneer factor that is essential for pluripotency and self-renewal of embryonic stem cells. Here we report cryo-electron microscopy structures of the DNA-binding domains of SOX2 and its close homologue SOX11 bound to nucleosomes. The structures show that SOX factors can bind and locally distort DNA at superhelical location 2. The factors also facilitate detachment of terminal nucleosomal DNA from the histone octamer, which increases DNA accessibility. SOX-factor binding to the nucleosome can also lead to a repositioning of the N-terminal tail of histone H4 that includes residue lysine 16. We speculate that this repositioning is incompatible with higher-order nucleosome stacking, which involves contacts of the H4 tail with a neighbouring nucleosome. Our results indicate that pioneer transcription factors can use binding energy to initiate chromatin opening, and thereby facilitate nucleosome remodelling and subsequent transcription.
履歴
登録2019年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月30日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6t7c
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10393.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10393.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.12920581 - 0.29152814
平均 (標準偏差)0.003944988 (±0.02228204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 147.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z147.000147.000147.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.1290.2920.004

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_10393_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_10393_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in co...

全体名称: Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
要素
  • 複合体: Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
    • 複合体: Histones and Sox11
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor SOX-11
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)

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超分子 #1: Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in co...

超分子名称: Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量理論値: 229 KDa

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超分子 #2: Histones and Sox11

超分子名称: Histones and Sox11 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.389036 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LAAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.707277 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH ENLYFQSNAP WMSGRGKQGG KARAKAKTRS SRAGLQFPVG RVHRLLRKGN YSERVGAGAP VYLAAVLEYL TAEILELAG NAARDNKKTR IIPRHLQLAI RNDEELNKLL GRVTIAQGGV LPNIQAVLLP KKTESHHKAK GK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

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分子 #4: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.921213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

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分子 #7: Transcription factor SOX-11

分子名称: Transcription factor SOX-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.856941 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SNAALDESDP DWCKTASGHI KRPMNAFMVW SKIERRKIME QSPDMHNAEI SKRLGKRWKM LKDSEKIPFI REAERLRLKH MADYPDYKY RPRKKPKMDP SAKPSASQSP

UniProtKB: Transcription factor SOX-11

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分子 #5: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.240848 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.484273 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
30.0 mMNaCl
1.0 mMEDTA
2.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 0.39 mB, 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into ...詳細: The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
詳細At least 50% of the data were collected at 25* stage tilt in order to partially compensate for preferred orientation of particles on the grid, and to improve angular distribution.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.125 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 109666
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6fq5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 130
得られたモデル

PDB-6t7c:
Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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