PDB-6bfi: Vinculin homolog in a sponge (phylum Porifera) reveals vertebrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bfi

タイトル

Vinculin homolog in a sponge (phylum Porifera) reveals vertebrate-like cell adhesions involved in early multicellular evolution

要素

VIN1

キーワード

CELL ADHESION / vinculin

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-catenin binding / cell-cell contact zone / cortical cytoskeleton / adherens junction / filopodium / beta-catenin binding / actin filament binding / cell adhesion / focal adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Oscarella pearsei (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Weis, W.I. / Chodaparambil, J.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Analysis of a vinculin homolog in a sponge (phylum Porifera) reveals that vertebrate-like cell adhesions emerged early in animal evolution.
著者: Miller, P.W. / Pokutta, S. / Mitchell, J.M. / Chodaparambil, J.V. / Clarke, D.N. / Nelson, W.J. / Weis, W.I. / Nichols, S.A.

履歴

登録	2017年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bfi.cif.gz	620.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bfi.ent.gz	520.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bfi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bfi_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bfi_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	6bfi_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	6bfi_validation.cif.gz	71.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bp8-d 1tf2-d 5zvv-d 6af3-d 4iv3-d 4iv1-d 6k8n-4 2wyf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VIN1

B: VIN1

184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VIN1

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
91.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VIN1

登録者が定義した集合体
91.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.344, 93.676, 101.634
Angle α, β, γ (deg.)	114.81, 93.29, 90.23
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	VIN1 / Vinculin homolog 分子量: 91772.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oscarella pearsei (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UES5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium / potassium tartrate, pH 8.0, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0059 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月24日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0059 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→36.5 Å / Num. obs: 74722 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→36.5 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.26

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2659	6991	10.11 %	random
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.2229	69167	92.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12211	0	0	133	12344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.451	16672
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.407	7836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1981
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.4264	228	0.3983	2094	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3261-2.3535	0.4017	246	0.3717	2104	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3535-2.3822	0.413	266	0.3672	2099	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3822-2.4124	0.3751	239	0.3566	2103	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4124-2.4441	0.37	225	0.3276	2049	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4441-2.4776	0.3849	259	0.3211	2096	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4776-2.5129	0.373	235	0.3222	2086	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5129-2.5504	0.3516	230	0.3056	2017	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5504-2.5903	0.3758	229	0.3133	2044	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5903-2.6327	0.3435	206	0.3051	1917	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6327-2.6781	0.3547	225	0.3132	2119	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6781-2.7268	0.351	226	0.2934	2099	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7268-2.7792	0.3475	193	0.2727	2182	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7792-2.836	0.3256	251	0.2629	2091	X-RAY DIFFRACTION	94
2.836-2.8976	0.3185	231	0.2525	2105	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8976-2.965	0.2951	231	0.2666	2153	X-RAY DIFFRACTION	94
2.965-3.0391	0.3342	253	0.274	2014	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0391-3.1212	0.3243	232	0.2789	2075	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1212-3.213	0.32	211	0.2713	1936	X-RAY DIFFRACTION	87
3.213-3.3166	0.2968	246	0.2501	2066	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3166-3.4351	0.2852	212	0.2317	2122	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4351-3.5725	0.2785	264	0.2206	2081	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5725-3.735	0.2693	237	0.2067	2087	X-RAY DIFFRACTION	93
3.735-3.9317	0.2435	253	0.1962	2115	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9317-4.1777	0.2134	208	0.184	1970	X-RAY DIFFRACTION	89
4.1777-4.4997	0.2217	274	0.164	1963	X-RAY DIFFRACTION	90
4.4997-4.9515	0.2253	217	0.1601	2161	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9515-5.6657	0.2354	246	0.1877	2077	X-RAY DIFFRACTION	94
5.6657-7.1295	0.2433	210	0.1914	2066	X-RAY DIFFRACTION	91
7.1295-36.5219	0.142	208	0.1285	2085	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9427	-1.3368	0.6319	5.0815	0.5726	3.9138	-0.1986	-0.3836	-0.0664	1.2878	0.0773	-0.1607	0.1252	0.0275	0.1152	0.9556	-0.0413	-0	0.479	0.0313	0.4012	-30.3141	22.011	-28.9117
2	2.9298	-2.6135	-0.1818	7.2995	3.2897	3.8547	-0.1847	-0.242	-0.3134	0.7218	0.2384	0.2828	0.2553	0.1622	-0.0448	0.7528	0.1171	-0.0033	0.4294	0.1163	0.4084	-27.0613	-15.5944	-45.1306
3	3.3582	2.7382	-1.2048	3.6298	-3.5134	5.061	-0.0593	0.3236	0.1833	-0.2166	0.2973	-0.0214	-0.6374	0.3572	-0.2345	0.9957	-0.0291	0.1008	0.5463	-0.0149	0.4021	-13.8905	11.4454	-85.6847
4	3.8074	-0.6619	0.0555	2.0904	-0.3247	3.1422	0.1124	0.1471	-0.4599	-0.8583	0.0715	0.303	0.46	-0.0723	-0.1357	0.9595	0.0022	-0.0726	0.4288	0.0753	0.4452	-37.0273	-13.0084	-89.3092
5	2.7606	1.2294	-0.3612	4.3649	2.6086	3.915	0.268	0.3027	0.4664	-0.0253	-0.2958	0.0418	-0.773	-0.3685	0.0483	0.7908	0.2365	0.0602	0.5116	0.1195	0.4342	-28.2162	24.0668	-58.5357
6	1.2129	-0.4202	0.3598	8.8263	-3.214	4.5003	0.0385	0.0227	-0.2111	-0.42	0.1198	0.1877	0.2945	-0.0768	-0.1587	0.6986	0.1098	-0.0447	0.4189	0.0515	0.4358	-24.6227	-20.7133	-68.4208
7	2.1436	0.4955	-0.4456	3.6861	0.6388	3.5574	-0.132	0.3503	0.0572	-0.9018	-0.0337	-0.0348	-0.3246	0.1277	0.1539	1.0786	0.0505	0.0455	0.4962	0.0493	0.446	-55.0872	-44.776	-74.6542
8	2.6007	2.1165	0.0277	6.0229	2.428	4.3564	-0.252	0.2329	0.2955	-0.8834	0.209	0.3638	-0.2649	0.1243	0.0244	0.6725	-0.0192	0.0013	0.3829	0.1551	0.4706	-52.1889	-6.9447	-58.2603
9	3.3653	-2.5596	2.2133	7.7921	-5.7364	6.4093	-0.0521	-0.0849	0.048	-0.1602	0.01	-0.3223	0.3081	0.4719	0.0244	0.824	0.0662	-0.0468	0.4761	-0.0077	0.3599	-39.499	-34.4118	-17.6659
10	1.6761	0.7588	-0.4557	8.7027	-1.624	4.7136	0.0385	-0.0151	0.2432	0.5417	0.1088	0.0869	-0.3743	-0.033	-0.1273	0.6749	-0.0041	0.0705	0.3618	0.047	0.4128	-49.9115	-2.1721	-35.0973
11	3.0877	-0.1731	-0.4257	3.2495	0.3098	2.4963	0.1865	0.0118	0.4068	1.2036	0.01	0.1687	-0.512	-0.0865	-0.1425	1.2833	0.1025	0.178	0.4993	0.0869	0.4798	-62.4504	-10.085	-14.492
12	2.5769	-0.833	1.1553	4.1813	1.9059	3.9739	0.1933	-0.321	-0.3948	-0.004	-0.4026	0.1815	0.7022	-0.0695	0.2128	0.7047	-0.1156	0.0066	0.4031	0.0775	0.4052	-53.0981	-46.8672	-45.1307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 131 through 258 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 266 through 370 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 495 through 627 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 646 through 836 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 371 through 494 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 130 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 131 through 258 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 266 through 370 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 371 through 494 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 495 through 627 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 647 through 836 )

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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