+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0977 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus by Single Particle CRYO-EM at 3.2 A Resolution | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | monomer / complex / photosystem / photosynthesis / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Kurisu G / Coruh O | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a functional monomeric Photosystem I from Thermosynechococcus elongatus reveals red chlorophyll cluster. 著者: Orkun Çoruh / Anna Frank / Hideaki Tanaka / Akihiro Kawamoto / Eithar El-Mohsnawy / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Christoph Gerle / Marc M Nowaczyk / Genji Kurisu / ![]() ![]() ![]() 要旨: A high-resolution structure of trimeric cyanobacterial Photosystem I (PSI) from Thermosynechococcus elongatus was reported as the first atomic model of PSI almost 20 years ago. However, the monomeric ...A high-resolution structure of trimeric cyanobacterial Photosystem I (PSI) from Thermosynechococcus elongatus was reported as the first atomic model of PSI almost 20 years ago. However, the monomeric PSI structure has not yet been reported despite long-standing interest in its structure and extensive spectroscopic characterization of the loss of red chlorophylls upon monomerization. Here, we describe the structure of monomeric PSI from Thermosynechococcus elongatus BP-1. Comparison with the trimer structure gave detailed insights into monomerization-induced changes in both the central trimerization domain and the peripheral regions of the complex. Monomerization-induced loss of red chlorophylls is assigned to a cluster of chlorophylls adjacent to PsaX. Based on our findings, we propose a role of PsaX in the stabilization of red chlorophylls and that lipids of the surrounding membrane present a major source of thermal energy for uphill excitation energy transfer from red chlorophylls to P700. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 34.4 KB 34.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 296.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.6 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 164.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 164.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 496 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 371 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6lu1MC ![]() 7bw2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 226.1 Data #1: Raw, non aligned micrograph movies in compressed TIFF format. [micrographs - multiframe]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_0977_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_0977_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus
+超分子 #1: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #11: CHLOROPHYLL A
+分子 #12: PHYLLOQUINONE
+分子 #13: BETA-CAROTENE
+分子 #14: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #15: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #16: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #17: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Sample was monodisperse. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 200 |
---|---|
温度 | 最低: 100.4 K / 最高: 100.4 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 1.34 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 56497 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |