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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0379 | |||||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) interacting with primase domains of two gp4 subunits bound to an RNA/DNA hybrid and dTTP (from LagS1) | |||||||||
![]() | Structure of gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with trx, RNA/DNA hybrid, and incoming dTTP (from gp4-gp5 lagging-strand complex LagS1) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / DNA primase activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / DNA primase activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Gao Y / Fox T / Val N / Yang W | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and operating principles of the replisome. 著者: Yang Gao / Yanxiang Cui / Tara Fox / Shiqiang Lin / Huaibin Wang / Natalia de Val / Z Hong Zhou / Wei Yang / ![]() 要旨: Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model ...Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model system, we determined cryo-electron microscopy structures up to 3.2-angstroms resolution of helicase translocating along DNA and of helicase-polymerase-primase complexes engaging in synthesis of both DNA strands. Each domain of the spiral-shaped hexameric helicase translocates sequentially hand-over-hand along a single-stranded DNA coil, akin to the way AAA+ ATPases (adenosine triphosphatases) unfold peptides. Two lagging-strand polymerases are attached to the primase, ready for Okazaki fragment synthesis in tandem. A β hairpin from the leading-strand polymerase separates two parental DNA strands into a T-shaped fork, thus enabling the closely coupled helicase to advance perpendicular to the downstream DNA duplex. These structures reveal the molecular organization and operating principles of a replisome. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 111.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 339.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6n9uMC ![]() 0357C ![]() 0359C ![]() 0362C ![]() 0363C ![]() 0364C ![]() 0365C ![]() 0380C ![]() 0381C ![]() 0382C ![]() 0386C ![]() 0387C ![]() 0388C ![]() 0389C ![]() 0390C ![]() 0391C ![]() 0392C ![]() 0393C ![]() 0394C ![]() 0395C ![]() 6n7iC ![]() 6n7nC ![]() 6n7sC ![]() 6n7tC ![]() 6n7vC ![]() 6n7wC ![]() 6n9vC ![]() 6n9wC ![]() 6n9xC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with trx, RNA/DNA hybrid, and incoming dTTP (from gp4-gp5 lagging-strand complex LagS1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with tr...
全体 | 名称: gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with trx, RNA/DNA hybrid, and incoming dTTP (from gp4-gp5 lagging-strand complex LagS1) |
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要素 |
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-超分子 #1: gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with tr...
超分子 | 名称: gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with trx, RNA/DNA hybrid, and incoming dTTP (from gp4-gp5 lagging-strand complex LagS1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DNA primase/helicase
分子 | 名称: DNA primase/helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 62.73443 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDNSHDSDSV FLYHIPCDNC GSSDGNSLFS DGHTFCYVCE KWTAGNEDTK ERASKRKPSG GKPMTYNVWN FGESNGRYSA LTARGISKE TCQKAGYWIA KVDGVMYQVA DYRDQNGNIV SQKVRDKDKN FKTTGSHKSD ALFGKHLWNG GKKIVVTEGE I DMLTVMEL ...文字列: MDNSHDSDSV FLYHIPCDNC GSSDGNSLFS DGHTFCYVCE KWTAGNEDTK ERASKRKPSG GKPMTYNVWN FGESNGRYSA LTARGISKE TCQKAGYWIA KVDGVMYQVA DYRDQNGNIV SQKVRDKDKN FKTTGSHKSD ALFGKHLWNG GKKIVVTEGE I DMLTVMEL QDCKYPVVSL GHGASAAKKT CAANYEYFDQ FEQIILMFDM DEAGRKAVEE AAQVLPAGKV RVAVLPCKDA NE CHLNGHD REIMEQVWNA GPWIPDGVVS ALSLRERIRE HLSSEESVGL LFSGCTGIND KTLGARGGEV IMVTSGSGMG KST FVRQQA LQWGTAMGKK VGLAMLQESV EETAEDLIGL HNRVRLRQSD SLKREIIENG KFDQWFDELF GNDTFHLYDS FAEA ETDRL LAKLAYMRSG LGCDVIILDH ISIVVSASGE SDERKMIDNL MTKLKGFAKS TGVVLVVICH LKNPDKGKAH EEGRP VSIT DLRGSGALRQ LSDTIIALER NQQGDMPNLV LVRILKCRFT GDTGIAGYME YNKETGWLEP SSYSGEEESH SESTDW SND TDF |
-分子 #2: DNA-directed DNA polymerase
分子 | 名称: DNA-directed DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 79.805625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIVSDIEANA LLESVTKFHC GVIYDYSTAE YVSYRPSDFG AYLDALEAEV ARGGLIVFHN GHKYDVPALT KLAKLQLNRE FHLPRENCI DTLVLSRLIH SNLKDTDMGL LRSGKLPGKR FGSHALEAWG YRLGEMKGEY KDDFKRMLEE QGEEYVDGME W WNFNEEMM ...文字列: MIVSDIEANA LLESVTKFHC GVIYDYSTAE YVSYRPSDFG AYLDALEAEV ARGGLIVFHN GHKYDVPALT KLAKLQLNRE FHLPRENCI DTLVLSRLIH SNLKDTDMGL LRSGKLPGKR FGSHALEAWG YRLGEMKGEY KDDFKRMLEE QGEEYVDGME W WNFNEEMM DYNVQDVVVT KALLEKLLSD KHYFPPEIDF TDVGYTTFWS ESLEAVDIEH RAAWLLAKQE RNGFPFDTKA IE ELYVELA ARRSELLRKL TETFGSWYQP KGGTEMFCHP RTGKPLPKYP RIKTPKVGGI FKKPKNKAQR EGREPCELDT REY VAGAPY TPVEHVVFNP SSRDHIQKKL QEAGWVPTKY TDKGAPVVDD EVLEGVRVDD PEKQAAIDLI KEYLMIQKRI GQSA EGDKA WLRYVAEDGK IHGSVNPNGA VTGRATHAFP NLAQIPGVRS PYGEQCRAAF GAEHHLDGIT GKPWVQAGID ASGLE LRCL AHFMARFDNG EYAHEILNGD IHTKNQIAAE LPTRDNAKTF IYGFLYGAGD EKIGQIVGAG KERGKELKKK FLENTP AIA ALRESIQQTL VESSQWVAGE QQVKWKRRWI KGLDGRKVHV RSPHAALNTL LQSAGALICK LWIIKTEEML VEKGLKH GW DGDFAYMAWV HDEIQVGCRT EEIAQVVIET AQEAMRWVGD HWNFRCLLDT EGKMGPNWAI CH |
-分子 #3: RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*G)-D(P*(DOC))-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*G)-D(P*(DOC))-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.842206 KDa |
配列 | 文字列: ACCAG(DOC) |
-分子 #4: DNA (44-MER)
分子 | 名称: DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.402571 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #6: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: TTP |
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分子量 | 理論値: 482.168 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-TTP: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |