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Structure paper

タイトルMechanism for the initiation of spliceosome disassembly.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年6月26日
著者Matthias K Vorländer / Patricia Rothe / Justus Kleifeld / Eric Cormack / Lalitha Veleti / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Alex W Phillips / Luisa Cochella / Clemens Plaschka /
PubMed 要旨Pre-mRNA splicing requires the assembly, remodeling, and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly ...Pre-mRNA splicing requires the assembly, remodeling, and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly and remodeling for catalysis, but the mechanism of disassembly remains unclear. Here, we report 2.6 to 3.2 Å resolution cryo-electron microscopy structures of nematode and human terminal intron-lariat spliceosomes along with biochemical and genetic data. Our results uncover how four disassembly factors and the conserved RNA helicase DHX15 initiate spliceosome disassembly. The disassembly factors probe large inner and outer spliceosome surfaces to detect the release of ligated mRNA. Two of these factors, TFIP11 and C19L1, and three general spliceosome subunits, SYF1, SYF2 and SDE2, then dock and activate DHX15 on the catalytic U6 snRNA to initiate disassembly. U6 thus controls both the start and end of pre-mRNA splicing. Taken together, our results explain the molecular basis of canonical spliceosome disassembly and provide a framework to understand general spliceosomal RNA helicase control and the discard of aberrant spliceosomes.
リンクNature / PubMed:38925148
手法EM (単粒子)
解像度2.73 - 69968.0 Å
構造データ


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50447: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å


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EMDB-50449: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å


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EMDB-50450: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å


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EMDB-50451: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å


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EMDB-50452: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.51 Å


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EMDB-50453: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å


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EMDB-50454: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 7)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.35 Å


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EMDB-50455: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 8)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å


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EMDB-50456: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 9)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å


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EMDB-50457: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 10)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å


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EMDB-50458: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 11)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å


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EMDB-50459: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 12)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.77 Å


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EMDB-50460: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 13)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å


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EMDB-50461: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 14)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å


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EMDB-50462: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 15)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å


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EMDB-50463: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å


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EMDB-50464: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 17)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å


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EMDB-50465: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 18)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å


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EMDB-50466: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 19)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50467: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 20)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50468: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 21)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.33 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50469: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 22)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50471: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 23)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50472: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 24)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 69968.0 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50473: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 25)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.94 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50474: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 27)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-50475: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 26)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

PDB-9fmd:
Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

由来
  • Caenorhabditis elegans (センチュウ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
キーワードSPLICING / P-complex / spliceosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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