[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMechanisms of RNF168 nucleosome recognition and ubiquitylation.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 84, Issue 5, Page 839-853.e12, Year 2024
掲載日2024年3月7日
著者Qi Hu / Debiao Zhao / Gaofeng Cui / Janarjan Bhandari / James R Thompson / Maria Victoria Botuyan / Georges Mer /
PubMed 要旨RNF168 plays a central role in the DNA damage response (DDR) by ubiquitylating histone H2A at K13 and K15. These modifications direct BRCA1-BARD1 and 53BP1 foci formation in chromatin, essential for ...RNF168 plays a central role in the DNA damage response (DDR) by ubiquitylating histone H2A at K13 and K15. These modifications direct BRCA1-BARD1 and 53BP1 foci formation in chromatin, essential for cell-cycle-dependent DNA double-strand break (DSB) repair pathway selection. The mechanism by which RNF168 catalyzes the targeted accumulation of H2A ubiquitin conjugates to form repair foci around DSBs remains unclear. Here, using cryoelectron microscopy (cryo-EM), nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, and functional assays, we provide a molecular description of the reaction cycle and dynamics of RNF168 as it modifies the nucleosome and recognizes its ubiquitylation products. We demonstrate an interaction of a canonical ubiquitin-binding domain within full-length RNF168, which not only engages ubiquitin but also the nucleosome surface, clarifying how such site-specific ubiquitin recognition propels a signal amplification loop. Beyond offering mechanistic insights into a key DDR protein, our study aids in understanding site specificity in both generating and interpreting chromatin ubiquitylation.
リンクMol Cell / PubMed:38242129 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.049 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-40604, PDB-8smw:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-40605, PDB-8smx:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-40606, PDB-8smy:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-40607, PDB-8smz:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (Class 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-40608, PDB-8sn0:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-40609, PDB-8sn1:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-40610, PDB-8sn2:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-40611, PDB-8sn3:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-40612, PDB-8sn4:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-40613, PDB-8sn5:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-40614, PDB-8sn6:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-40615, PDB-8sn7:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-40616, PDB-8sn8:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-40617, PDB-8sn9:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-40618, PDB-8sna:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-41706, PDB-8txv:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-41707, PDB-8txw:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-41708, PDB-8txx:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-41800, PDB-8u13:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A lysine 15 in complex with RNF168-UbcH5c (class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-41801, PDB-8u14:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A lysine 15 in complex with RNF168-UbcH5c (class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-42446, PDB-8upf:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168-UbcH5c
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-8uq8:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 2-residue linker
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.34 Å

PDB-8uq9:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 4-residue linker
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-8uqa:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 12-residue linker
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.049 Å

PDB-8uqb:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.484 Å

PDB-8uqc:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.61 Å

PDB-8uqd:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (condition 2. RING not modeled in density)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.893 Å

PDB-8uqe:
Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 26-residue linker (RING not modeled in density)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.562 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA/TRANSFERASE / Nucleosome core particle / chromatin / RNF168 / RING domain / UbcH5c / DNA repair / DNA double-strand break / Homologous recombination / 53BP1 / ubiquitin / STRUCTURAL PROTEIN-DNA-TRANSFERASE complex / TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex / MIU2-LRM domains / BRCA1-BARD1 / Histone H2A / Histone H2B / Ubiquitin ligase / Ubiquitin-conjugating enzyme / DNA damage response / DNA double-strand break repair / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-Transferase complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る